洋葱转录组ssr信息分析及其多态性研究

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1、园艺学报，2015，42(6)：1103–1111.ActaHorticulturaeSinicadoi：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0046；http：//www.ahs.ac.cn1103洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究*李满堂，张仕林，邓鹏，侯喜林，王建军（南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室，农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室，南京210095）摘要：采用生物信息学方法分析洋葱（AlliumcepaL.）转录组中的SSR位点信息，并设计简单重复序列（SSR）引物，以期为

2、洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106932条unigenes（84.04Mb），并对其SSR位点信息进行了分析，共筛选得到5959个SSR位点（占总unigenes的5.10%），其发生频率为1/14.1kb。SSRs位点中主导类型是以AAG/CTT（占总SSRs的10.20%）为主的三核苷酸重复，占总SSRs的37.27%；其次是单、二核苷酸重复，其出现频率分别为30.91%和24.75%。利用Primer5共设计出5258对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增，其中12对扩增出清晰

3、可重复的条带，9对在24个不同类型洋葱材料中表现出多态性。利用UPGMA作图，将24个洋葱材料分为4类。关键词：洋葱；转录组；SSR；引物；多态性中图分类号：S633.2文献标志码：A文章编号：0513-353X（2015）06-1103-09AnalysisonSSRInformationinTranscriptomeofOnionandthePolymorphism*LIMan-tang，ZHANGShi-lin，DENGPeng，HOUXi-lin，andWANGJian-jun（StateKeyLaboratoryofCropGe

4、neticsandGermplasmEnhancement，NanjingAgriculturalUniversity，KeyLaboratoryofBiologyandGermplasmEnhancementofHorticulturalCropsinEastChina，MinistryofAgriculture，Nanjing210095，China）Abstract：Bioinformaticsmethodswereusedtoanalyzetheonion（AlliumcepaL.）transcriptomeSSRlociinfo

5、rmationanddesignedsimplesequencerepeat（SSR）primers，soastoprovideapowerfultoolforscreeningonionmolecularmarkerassistedbreeding.Fivethousandninehundredandfifty-nineSSRloci（5.10%）wereobtainedfrom106932unigenes（84.04Mb）byusingMISAsoftwaretoscreentheoniontranscriptomesequencin

6、g，anditsfrequencywas1/14.1kb.Trinucleotiderepeatwasthemaintype，accountedforasmuchas37.27%ofallSSRs.TheAAG/CTTwerethepredominantrepeattypes（10.20%），followedbymononucleotiderepeatmotif（30.91%）anddinucleotiderepeatmotif（24.75%）.Fivethousandtwohundredandfifty-eightpairsofSSRp

7、rimersweredesignedusingPrimer5.Randomly20pairsofprimerswereselectedforPCRamplification，12amplifiedonclearandreproduciblebands，9in24differenttypesshowedpolymorphisminonionmaterial.Twenty-fouronionsplantsweredividedinto4groupsbyUPGMA.Keywords：onion；transcriptome；SSR；primer；

8、polymorphism收稿日期：2015–02–12；修回日期：2015–04–23基金项目：国家公益性行业（农业）科研专项（20090318）；扬州市农业科技攻关项目（YZ2014170）