水黄皮种子转录组构建与分析及多态性est-ssr的筛选

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1、学校代码10590分类号07智级公开UDC�aaUniversity硕士学位论又水黄皮种子转录组构建与分析及多态性EST-SSR的筛选申请人姓名郭孝欢申请人学号2120180425专业名称生物学导师姓名及职称郑易之教授二O—五年五月九原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文水黄皮种子转录组构建与分析及多态性EST-SSR的筛选是本人在导师的指导下，独立进行研宄工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不含任何其他个人或集体已经发表或撰写的作品或成果。对本文的研宂做出重要贡献的个人和集体，均己在文中以明确方式标明。本声明的法律后果由本人承担。论文作者签名：if考赴曰期:A?i5年5"

2、月丨>曰学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解深圳大学关于收集、保存、使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权单位属深圳大学。学校有权保留学位论文并向国家主管部门或其他机构送交论文的电子版和纸质版，允许论文被查阅和借阅。本人授权深圳大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(涉密学位论文在解密后适用本授权书）曰期:&7IS年S"月H日曰期:o?o/;年S月//曰分类号Q7学校代码10590UDC580密级公开深圳大学硕士学位论文水黄皮种子转录组构建与分析及多态性EST-SSR的筛选学位申请人姓

3、名郭孝欢专业名称生物学学院（系、所）生命科学学院指导教师郑易之教授水黄皮种子转录组构建与分析及多态性EST-SSR的筛选摘要水黄皮（Millettiapinnata）是一种具有良好应用前景的生物质能源树种。该物种隶属于豆科蝶形花亚科水黄皮属，在我国主要分布于南部沿海地区，是一种典型的半红树植物。水黄皮种质资源的保护利用作为其推广种植及生物柴油产业化制备的重要基础之一，有赖于对该物种遗传背景的深入阐明。本研究通过基于Illumina平台的高通量测序技术（NextGenerationSequencing，NGS）对水黄皮种子进行转录组测序及基因功能分类分析，同时还对基于转录组数据获得的潜在EST

4、-SSR（SimpleSequenceRepeat）位点进行多态性筛选，研究主要结果如下：（1）本研究取三个发育时期（组织分化期，灌浆期，脱水期）的水黄皮种子进行RNA提取，将RNA样品等量混合并构建了cDNA文库，通过Illumina双末端测序得到80,212,402条序列片段（Reads），再经过组装，最终得到53,586条平均长度为787nt的Unigene序列，总长度为42,186,440nt。通过与不同的数据库进行blast比对，发现上述Unigene序列中有39,602（73.9%）条与NR（Non-redundant）数据库中蛋白序列具有显著的相似性，其中90%以上的Unige

5、ne序列都注释到豆科植物；此外，注释到Nt、Swiss-Prot和COG数据库的Unigenes分别是40,938条、24,078条和13,147条；GO功能条目（GeneOntologyterm）分析和KEGG代谢通路（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomespathway）分析结果表明：分别有23,489条、24,052和23,811条Unigene序列参与分子功能（Molecularfunction）、细胞组分（Cellularcomponent）和生物学过程（Biologicalprocess）三大功能条目；同时，有21,905条Unigene序列参与包括

6、植物激素信号转导（Planthormonesignaltransduction）、植物-病原菌互作（Plant-pathogeninteraction）、剪接体（Spliceosome）、RNA转运（RNAtransport）等在内的128个代谢通路中，其中有2093条Unigene参与脂质代谢（lipidmetabolism）相关代谢通路。（2）本研究从水黄皮转录组测序所得的Unigene序列查找到8,212个潜在EST-SSR位点，这些位点以两碱基重复和三碱基重复为主。进一步从这些潜在位点中挑选了121个位点，根据其侧翼序列设计引物，通过对从4个水黄皮个体中提取的DNA进行PCR扩增及产

7、物测序来筛选具有多态性的EST-SSR位点。结果表明：共有39个EST-SSR位点I水黄皮种子转录组构建与分析及多态性EST-SSR的筛选在四个个体中表现出多态性，这些位点位于35条Unigene序列，其中包括11条含12个多态性EST-SSR位点的油脂代谢相关基因序列以及24条含27个多态性EST-SSR位点的非油脂代谢相关基因序列。本研究得到的水黄皮种子转录组数据为进一步进行候选基因克隆、功能分析以及后续