菜薹转录组中ssr信息与可用性分析

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1、园艺学报，2016，43(9)：1816–1824.ActaHorticulturaeSinica1816doi：10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0298；http：//www.ahs.ac.cn菜薹转录组中SSR信息与可用性分析11111,*2李荣华，王直亮，陈静芳，夏岩石，郭培国，张华，Kadambot3Siddique123（广州大学生命科学学院，作物抗逆国际合作研究中心，广州510006；广州市农业科学院，广州510308；西澳大利亚大学农业研究所，WA6009，澳大利亚）摘要：利用菜薹转录组分析检测到48975条

2、unigene（38.17Mb）序列数据，运用MIcroSAtellite（MISA）工具发现其中具有1~6个核苷酸重复类型的SSR位点11879个，SSR位点发生频率为1/3.2kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1~3个核苷酸重复，占总SSR位点数的99.01%，其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个，重复次数在5~23之间，其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10~60bp之间，大多小于20bp

3、，大于20bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合，从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性，发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定，其中12对引物具有多态性。关键词：菜薹；转录组；SSR；可用性分析中图分类号：S634.5文献标志码：A文章编号：0513-353X（2016）09-1816-09AnalysisofSSRInformationinTranscriptomeandTheirUsabilityinFloweringChineseCabbage11111,*2LIRong-

4、hua，WANGZhi-liang，CHENJing-fang，XIAYan-shi，GUOPei-guo，ZHANGHua，3andKadambotSiddique1（InternationalCropResearchCenterforStressResistance，CollegeofLifeSciences，GuangzhouUniversity，Guangzhou23510006，China；GuangzhouAcademyofAgriculturalSciences，Guangzhou510308，China；TheInstituteofAg

5、riculture，TheUniversityofWesternAustralia，WA6009，Australia）Abstract：Inthisstudy，SSRlociwereminedfromtranscriptomesequencingdataoffloweringChinesecabbageusingtheMIcroSAtelliteidentificationtool（MISA）.11879SSRloci，includingthetypesof1–6nucleotiderepeatswithoccurringfrequencyof1/3.

6、2kb（312.5/Mb），werediscoveredfrom48975transcriptomicunigenes（38.17Mb）.ThemajortypesofSSRlociwere1–3nucleotiderepeats，accountedfor99.01%oftheSSRloci，ofwhichmono-，di-andtri-nucleotiderepeatswere41.11%，28.23%and29.67%，respectively.Fifty-eightrepeatmotifswithiterationnumbersfrom5to23

7、wereidentified，andthemostabundantmotifswereA/T，AG/CT，AT/AT，AC/GT，AAG/CTTandAGG/CCT.ThelengthsofrepeatnucleotidesequencesforallSSRlocirangedfrom10to60bp，withmostbelow20bp，andonly7.9%收稿日期：2016–06–16；修回日期：2016–08–24基金项目：广州市属高校科技计划项目（1201420621）；广州市科技计划项目（2014J4100123）；广东省自然科学基金项目（2

8、015A030310136，2015A030313500）；广东高校省级重点平台和重大科研项目