基于中国樱桃转录组的ssr分子标记开发与鉴定

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1、园艺学报，2016，43(8)：1566–1576.ActaHorticulturaeSinica1566doi：10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0005；http：//www.ahs.ac.cn基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定111,2111,*宗宇，王月，朱友银，邵姁，李永强，郭卫东12（浙江师范大学化学与生命科学学院，浙江省特色经济植物生物技术研究重点实验室，浙江金华321004；金华职业技术学院农业与生物工程学院，浙江金华321007）摘要：对中国樱桃（Prunuspseud

2、ocerasusLindl.）休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析，发现了7197个SSR位点，总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高（58.65%），三核苷酸次之（34.72%）。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析，结果表明有效等位基因数最大值为2.92（PpSSR2），最小值为1.09（PpSSR8），平均值为1.73；香农多样性指数变化范围是0.202~1.290，平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.

3、082~0.671；平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点PpSSR2，最小值出现在位点PpSSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致，但聚类结果清晰地划分出5个不同组别，说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同，它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系，该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料，有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。关键词：中国樱桃；转录组；SSR；种质

4、资源；遗传多样性中图分类号：S662.5文献标志码：A文章编号：0513-353X（2016）08-1566-11DevelopmentandValidationofSSRMarkersBasedonTranscriptomicDataofChineseCherry（Prunuspseudocerasus）111,2111,*ZONGYu，WANGYue，ZHUYou-yin，SHAOXu，LIYong-qiang，andGUOWei-dong1（ZhejiangProvincialKeyLaboratoryofBiotec

5、hnologyonSpecialtyEconomicPlants，CollegeofChemistryandLife2Sciences，ZhejiangNormalUniversity，Jinhua，Zhejiang321004，China；CollegeofAgriculturalandBiologicalEngineering，JinhuaPolytechnic，Jinhua，Zhejiang321007，China）Abstract：Simplesequencerepeat（SSR）lociweresearchedan

6、danalyzedtranscriptomicdataofPrunuspseudocerasusdormancybuds.Atotalof7197SSRlociweredetectedwhichaccountedfor15.62%oftotalunigenes.DinuclotiderepeatwerethemostabundantSSRtypewithafrequencyof58.65%，followedbytrinucleotiderepeat（34.72%）.Theavailabilityandpolymorphism

7、ofselected8primerswerecheckedbyusing24cherryaccessions.Theresultsshowedthataveragenumberofeffective收稿日期：2016–04–08；修回日期：2016–08–03基金项目：浙江省自然科学基金项目（LQ15C150001）；浙江省科技厅果品新品种选育重大专项（2012C12904-6）；浙江师范大学博士基金科研项目*通信作者Authorforcorrespondence（E-mail：gwd@zjnu.cn）宗宇，王月，朱友银，邵

8、姁，李永强，郭卫东.基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定.园艺学报，2016，43(8)：1566–1576.1567alleleswas1.73，rangedfromaminimumof1.09（PpSSR8）toamaximumof2.92（PpSSR2）.Shannon’si