资源描述：
《基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、棉花学报CottonScience2015袁27渊1冤院1―8基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发*程海亮袁陆才瑞袁邹长松袁余道乾袁姜鹏飞袁杨文翠袁张友平袁王巧连袁宋国立渊中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室袁河南安阳455000冤摘要院棉花是重要的经济作物袁但有毒棉酚的存在袁使棉子得不到充分的利用袁所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一遥色素腺体是棉酚的储存器官袁开发功能型分子标记袁加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用遥本试验以10个有腺体和无腺体材料转录组信息为基础开发EST-SSR标记袁在12895条1kb以上的Unigen
2、e中共搜索到1546个SSR位点袁发生频率和平均距离分别是11.99%和15.99kb遥得到的EST-SSR中袁二碱基和三碱基重复是主要的重复类型袁分别占30.85%和48.97%袁AT/TA和GAA/CTT分别是二碱基和三碱基的优势重复类型遥对长度逸20bp的SSR共设计合成了56对引物袁在这10个材料中进行检测袁能扩增出清晰条带的有38对袁占67.86%袁其中呈多态性的有9对袁占23.68%袁并对其所在的Unigene功能和表达量进行了初步分析遥本研究进一步证明了棉花EST-SSR标记开发的可行性袁并且为棉花高密度遗传图谱和腺体相关基因的研究奠定了基础遥关键词院棉花曰EST-SSR标记曰多
3、态性曰色素腺体中图分类号院S562.035.3文献标志码院A文章编号院1002-7807渊2015冤01-0001-08ChengHailiang,LuCairui,ZouChangsong,YuDaoqian,JiangPengfei,YangWencui,ZhangYouping,*WangQiaolian,SongGuoli(455000,)Cottonisanimportanteconomiccrop,however,thecottonseedisunderutilizedbecauseofthepresenceoftoxicgossy-pol,solowgossypolcottonb
4、reedingisanimportantpartofthecottonbreeding.Thedevelopmentofmolecularmarkersandconstructionofhighresolutiongeneticmapwillplayanimportantroleinresearchofgenesrelativetopigmentglands,whicharestorageorganofgossypol,andotherimportanttraits.Inthisstudy,wedevelopedEST-SSRmarkersbasedonthetranscriptomeinfo
5、rmationfrom10glandandglandlessmaterials.1546EST-SSRswereobtainedfrom12895unigenesmorethan1kbinlength,whichaccountsfor11.99%,andtheaveragedistanceofSSRswas15.99kb.AmongtheobtainedEST-SSRs,dinu-cleotideandtrinucleotiderepeatswerethedominanttypes,accountingfor30.85%and48.97%respectively.AT/TAandGAA/CTT
6、werethemostabundantmotifsrespectivelyindinucleotideandtrinucleotiderepeats.Totalof56pairsofprimersweredesignedandsynthesizedfortheSSRsmorethan20bpandtestedinthe10materialstoevaluatetheapplicationandpoly-morphism.38pairsofprimerscouldproduceclearbandsinPAGEelectrophoresis,accountingfor67.86%,and9EST-
7、SSRsa-mongthemshowedpolymorphism,accountingfor23.68%.Furthermore,thefunctionsandexpressionoftheunigenescontain-ingpolymorphicEST-SSRwereanalyzedpreliminarily.Thisstudyfurtherprovesthatitisfeasibletode
