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1、1章祥荪复杂网络的社团结构分析Communitystructureincomplexnetworkshttp://zhangroup.aporc.org中国科学院数学与系统科学研究院全国复杂网络会议，苏州大学，2010，10,17Bio-molecularnetworks（生物分子网）许多生物问题,特别是人类的疾病,在分子层面上都可归于“systemsproblems”--LeroyHood许多生物问题可以表达成生物分子网络（bio-molecularnetworks）的问题。生物分子网络包括：蛋白质相互作用网（proteininteractionnetworks）,新陈代谢网（metabol
2、icnetworks），基因调控网（generegulatorynetworks）,e.t.;他们都有共同的性质更为有趣的是，许多这样的网是“复杂”网络23复杂网络的典型代表:生物分子网络之一----蛋白质相互作用网（Scale-free)酵母细胞中的蛋白质相互作用网络(A.-L.Barabási,NATUREREVIEWSGENETICS,2004)Jeong,2000,Nature包括太古代（Archae），细菌（Becterium),真核生物（Eukaryote）在内的43个物种的新陈代谢网（Metabolicnetwork）都是Scale-free的。4Protein-proteini
3、nteractionnetworksRui-ShengWang,YongWang,Ling-YunWu,Xiang-SunZhang,LuonanChen.Analysisonmulti-domaincooperationforpredictingprotein-proteininteractions.BMCBioinformatics,8:391,2007ShihuaZhang,Xue-MeiNingandXiang-SunZhang.IdentificationoffunctionalmodulesinaPPInetworkbycliquepercolationclustering.Com
4、putationalbiologyandchemistry,30(6),445-451,2006.LuonanChen,Ling-YunWu,YongWangandXiang-SunZhang.InferringProteinInteractionsfromExperimentalDatabyAssociationProbabilisticMethod.Proteins:Structure,Function,andBioinformatics,Vol.62,pp.833-837,2006.Xiang-SunZhang,Rui-ShengWang,Ling-YunWu,ShihuaZhangan
5、dLuonanChen.InferringProtein-ProteinInteractionsbyCombinatorialModels.IFMBEProceedings,Vol.14,2006,183--186,SpringerBerlinHeidelberg.5MetabolicandsignalingnetworksZhenpingLi,Rui-ShengWang,Xiang-SunZhangandLuonanChen.Detectingdrugtargetswithminimumsideeffectsinmetabolicnetworks.IETSystemsBiology,3(6)
6、,523-533,2009ZhenpingLi,Rui-ShengWang,Xiang-SunZhang.MassFlowModelandEssentialityofEnzymesinMetabolicNetworks.LectureNotesinOperationsResearch,9,pp.182-190,WorldPublishingCorporation,Lijiang,2008.JinG,ZhouX,WangH,ZhaoH,CuiK,ZhangXS,ChenL,HazenSL,LiK,WongSTTheKnowledge-IntegratedNetworkBiomarkersDisc
7、overyforMajorAdverseCardiacEvents.JProteomeRes7(9):4013-4021,20086LuonanChen,Rui-ShengWang,Xiang-SunZhang.BiomolecularNetworks:MethodsandApplicationsinSystemsBiology.JohnWiley&Sons,Hoboken,NewJersey.J
