SPM数据转换教程.doc

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1、SPM中文手把手教程:多种数据转换的方法更有进步和乐趣.写教程是最艰巨的工程,许多错误和遗漏,欢迎大家批评补充.           使用SPM进行数据处理前,必须先将其它档案格式转换成spm可以读取的Analyze档案格式,包含.img档和.hdr标头档,相关的转档软件有XMedCon和MRIcro.      1.利用AFNI数据转换      首先使用afni的三维数据重建:to3d-time:tz177202saltplus*生成+orig文件      然后:3dAFNItoAnalyze-4D-

2、orientLPI*epi+orig      将生成*.hdr与*.img文件.(*代表你所用的任意文件名)            然后打开MRIcro软件:      选择要转换的hdr,img文件,processing,ok.      选择面板上部File--Saveas4dto3d---Saveasintel---Save(这里有点忘了:))            2.直接用MRIcro转换:(此部分转自核医学论坛)      1。点Import/convertforeigntoanalyze,在

3、出现的对话框中，numberoffiles为你的数据的总文件数，sliceincrement＝1，volumeincrement＝0，volumes为你的实验的volume数。填好后，先点design，后点select，然后选中你的数据的第一个文件。然后保存。      2。点file/open，打开刚才保存的img文件。      3。点file/saveas...[rotate/clip/format/4D-%26gt;3D],然后点击“saveintel”。即可      这样保存后的文件就可以被SP

4、M处理了            MRIcro的Import-%26gt;Convert中的volume可以理解为完整头部像数目。在从GESigna1.5T中获得的fMRIDicom数据中，是1个slice存成一个dicomimage文件，因此，volume数，也就是整个dicomimage目录所包含的完整头部扫描图像数目，等于整个dicomimage目录下所有单个slicedicomimage文件除于实验时设置的slices数。      简单地说，一个fMRI实验，层数为16，获得512个slicedic

5、omimage文件，则其volumes=512/16=32。            注:SPM的dicomimport是可以导入dicom文件，但导入的这些图像还是2D的，不是3D的，不能用于fMRI分析。要先把2D的slice重建成3D的volume，就可以用于fMRI分析了。MRIcro可以干这活:      先把3次BOLD的文件分别移动到三个不同的文件夹里，然后用MRIcro依次导入转换每个目录的slicedicomfile成一个ANALYZE文件（4D的），再另存为多个img，hdr文件（4D－%

6、26gt;3D），个数就是volume数，也就是目录下文件数除于层数。（这是针对从GESigna1.5T上刻录的光盘上的dicom格式数据来讲的，其它机器的数据存放方式可能有所不同，请相应具体分析）                                                             3.使用XMedCon转换PET数据:            将有Brain影像的档案由MO片读出,档案格式为.v档转.      例如:Chang_10_9e2_de11.v_826420_

7、49y      Chang_10_9e2_de11.v为档名,826420为病例号,49y为年龄.      使用XMedCon将.v档转为analyze档.      打开XMedCon:      选film打开open档案:      选择要转档的档案后,按OK:      出现影像:      再选film并saveasanalyze:      储存於设定的资料夹后按OK:      按OK后,此时档案格式转为.hdr及.img      由刚储存的资料夹检视:档案转为.hd及.img     

8、       由matlab打开spm2:      首先打开matlab:      选择新档案存放的资料夹:      在CommandWindow键入:addpathD:statisticalactivationimages重叠於解剖影像anatomicalimage之上.            zhuzude溅出的水花儿：            我的问题是，现在我们都用AFNI直接做配准，但是手工的活,对