spm8详细教程.pdf

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1、SPM8数据处理教程Lab1.数据的预处理一、概述：数据的预处理（preprocess）：（1）Convertdicomfilestohdrfilesandimgimages；（2）SliceTiming；（3）Realign:Estimate&Reslice；（4）Coreg:Estimate；（5）Segment；（6）两次Normalise:Write；（7）Smooth；（8）Fmrimodelspecification；（8）ModelEstimation。二、DICOMImport：说明：转换完后会在解剖像文件名前加s，在功能像文件名前加

2、f。可以用“Display”来查看刚转换的图像。（Display还有一个重要的作用是定义原点——前联合和AC-PC连线，这在做Normalise中很重要。定义后reorient一下即可写入头信息）。三、Slicetiming1、目的：使用数学的方法使不同时间扫面的层校正为同一时间获得层。2、过程：Date.session---[选中所有要处理的f*.文件]Numberofslices---[扫描层数]TRTA---[可以用公式表示：TR-（TR/nslices）]Sliceorder---[扫描顺序：例如1:2:312:2:32分别表示从1或2开始，

3、每间隔2个数扫描一张，即1、3、5„2、4、6„]Referenceslice---[参考层，一般选择中间的一张，对于各层扫描，一般选择即是时间的中点，又是大脑的中点。如果是层数为偶，可以选择中点处2层中的任一层]FilenamePrefix—a[默认头文件名为a]3、说明：BlockDesign的实验数据这一步可以跳过；eventrelateddesign的实验数据必须做这一步。1四、Realign:Estimate&Reslice1、目的：如果在容许的头动范围内，可以使用一定的算法校正信号，使其靠近真实值，如果超过了这个规定的范围，则必须剔除这组

4、数据。2、头动范围（CheckRealign）：平动≤2.0mmand旋转≤2.0degree[严老师观点]3、过程：Realign:Estimate&ResliceDate.session---[选中所有经过层间校正的文件，以af*开头]FilenamePrefix—r[默认头文件名为r]其余参数默认即可。4、matlab中如何查看头动范围打开rp_af*.txt文件，前3列为平动数据、后3列为旋转数据；命令：b=load(‘rp_af*.txt’)----[载入头动数据文件]c=max(abs(b))---[取b值的绝对值的最大值，表示找出每列的

5、最大值]c(4:6)=c(4:6)*180/pi---[4-6列为转动，将以弧度为单位的数值转化为以角度为单位的值，pi表示π]5、说明：运行结束后将生成一对mean*文件（平均脑）、一个rp*.txt文件（头动参数文件）及若干对r*文件。五、Coregister1、目的：是将所有的图像同一个volume对齐，对功能像与结构像做一个信息的变换。我们相信对于被试，功能像与结构像是线性相关的平动与转动，而不是扭曲的。由功能像向结构像去配，对于结构像中的hdr文件存有一个矩阵，而这个矩阵就包含了功能像的信息。2、过程：CoregEstimate:---[只

6、需要将旋转的矩阵写入到hdr文件中，不需要生成新的文件，也就是对3D文件做一个刚体的变换，变换到功能像空间里]ReferenceImage---[选择头动校正生成的mean*文件]2SourceImage---[选择3D文件]其余项目默认即可。3、说明：Sourceimage与Referenceimage的关系，可以认为是将结构像向以mean开头的功能像里估计，估计结束后就可以将旋转矩阵写入到精度更高的3D文件当中，最后做出的图像的分辨率就会很高。六、Segment1、目的：要将被试的结构像配到功能像里，就需要将结构像进行分割。一般分割为灰质、白质和

7、脑髓液三部分。2、过程：Date---[选择配准后的3D图像]AffineRegularisation---[选择东亚人大脑模板]其余参数默认即可。七、Normalise1、目的：将不同容积及形状的被试的大脑放到一个标准空间里，用一个公用的坐标系去描述具体的一个位置。2、方法：A.NormalizebyusingEPItemplates；B.NormalizebyusingT1imageunifiedsegmentation3、第二种方法的过程：用3D像文件做分割，用分割的信息去做空间标准化，分割要做三个小步骤，被试既有结构像，又有功能像，我们要用结

8、构像分割所得到的信息来做功能像的空间标准化。首先，要保证功能像与结构像在同一个位置。所以，需要做一次core