SPM5数据分析简明教程-北师大fMRI培训班

《SPM5数据分析简明教程-北师大fMRI培训班》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、SPM5数据分析简明教程编写人：张寒Email:napoleon1982@gmail.com导师：朱朝喆（研究员，博士生导师）Email:czzhu@bnu.edu.cnhttp://psychbrain.bnu.edu.cn/home/chaozhezhu/北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室Lab1SPM5的安装和介绍实验内容1.Matlab7.1简要介绍2.SPM5简要介绍Matlab7.1简要介绍1.主界面在所有实验中，我们都将使用Matlab7.1软件包。在Matlab安装完毕后，双击快捷方式图标打开Matlab。点击

2、Matlab窗口上方的View菜单，勾选CommandWindow,CommandHistory,CurrentDirectory和Workspace。这时，Matlab将呈现四个子窗口（图1）：1)CommandWindow：位于右下方。即指令窗口，是键入指令的地方，也是Matlab显示计算结果的地方；2)CommandHistory：位于左下方。即历史命令窗口，存放历史输入命令；3)CurrentDirectory：位于左上方。即当前工作目录，显示当前目录下的文件信息；4)Workspace：位于右上方。即工作空间，存放变量在内存中

3、。图1Matlab7.1的主界面此时，Matlab处于准备接受命令的状态，可以在命令窗口（右下方的子窗口）中直接输入命令语句。2.基本命令1.设置当前工作路径(currentdirectory)设置当前工作路径可以让Matlab知道你要在那个地方进行数据处理。1)在Windows下建立一个新文件夹，如：D:workdicom_convert2)例如把该目录设为工作路径：在Matlab的指令窗口中键入：cd‘D:workdicom_convert’（注意，单引号必不可少）。这样，就将Matlab的当前工作路径设置在上述路径下了

4、。2.添加搜索路径(setpath)添加搜索路径是一些基于matlab的工具包常用的安装方式。1)点击Matlab最上方的“File”菜单，在下拉菜单中选择“SetPath”。2)在弹出的路径设置窗口中选择“AddwithSubfolders”，浏览并点选目标文件夹（如图2所示），然后点“确定”。3)点击“Save”按钮。4)点击“Close”按钮。图2添加搜索路径3.其他常用命令及功能1)load载入数据到内存2)clear清除内存中的数据3)doc呼出matlab的帮助窗口4)dir显示当前路径下所有文件和文件夹5)cd进入某个文件

5、夹6)help查看帮助文件希望大家在实际使用中学习，这里不一一列举。SPM5介绍和安装SPM5是一款功能强大的fMRI数据激活区检测分析软件包。一般的数据处理由预处理，个体统计，群体分析（组分析）这几大步骤组成。SPM5这个软件包包含一个“spm5”的文件夹，文件夹里含有若干子文件夹和许多文件。假设这个文件夹在“D:spm5”目录下，下面介绍如何安装及打开SPM5：1.打开Matlab7.1，将SPM5所在目录“D:spm5”加入到Matlab的搜索路径中（利用“添加搜索路径”所示的方法，将spm5及其所有子文件夹添加到Matlab

6、的搜索路径中）；2.在Matlab指令窗口中输入“spmfmri”，即出现SPM的三个主要窗口（图3为工具窗口，图4为交互窗口）；图3工具窗口图4交互窗口3.图4是交互窗口，用户可以在这个窗口中进行处理参数指定。该窗口左侧一栏用树型结构显示参数设定，双击可以扩展和缩起分支（用+/-表示），需要用户指定参数的处理项目用“X”表示，整个处理流程可以用该窗口内的“Save”,“Load”,“Run”按钮进行保存，调入和执行。该窗口右上方一栏表示当前处理项目的可选子项，用户可以在这里改变处理选项，也可以输入指定数值。该栏下方是当前项目的数值的显

7、示栏。最下方一栏是帮助栏，显示当前处理项目的帮助信息。4.当SPM5需要你选择输入的文件时，会弹出文件选择窗口(图5)。图5文件选择窗口注意！如果用Matlab和SPM处理数据，文件名和文件夹名应该设置为英文，最好中间没有空格。不推荐使用中文。Lab2用SPM5进行任务fMRI数据预处理实验内容1.实验和数据介绍2.数据预处理µSlicetiming（层间时间校正）µRealignment（头动校正）µNormalization（空间标准化）µSmoothing（平滑）实验和数据介绍本手册采用数据为被试被动接受单侧视野视觉刺激实验中采集

8、到的数据，视觉刺激为以12Hz为闪烁频率的三角形棋盘格，基线任务为被动注视屏幕中心的小圆点：1)基线（B）：注视屏幕中心的圆点（图6左）2)条件一（L）：在注视圆点的同时，屏幕左侧出现棋盘格闪烁刺激（图6中