SPM8数据预处理

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1、SPM8数据预处理流程一、数据准备处理前首先通过SPMDICOMImport工具将dicom数据转换成NIfTI格式；转完后删除前10个volumes文件二、数据处理流程数据处理包括slicetiming，realignment，normalization和smoothing四步注意：如果图像获取是隔层（interleaved）进行的，如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，则要先进性slicetiming再进行realign,如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，则要先进行realign再做

2、slicetiming。1：SliceTimingData：双击Data，双击Session，添加数据NumberofSlices：输入每祯图像的层数，如“32”TR：输入TR时间，一般为2秒，我们输入“2”TA：是每祯图像获取第一层开始到获取最后一层图像的时间间隔，我们输入TR-TR/nslice，可直接输入公式，如输入“2-2/32”Sliceorder：我们输入“1:2:31,2:2:32”。指定层获取顺序的层次序参数是一个含N个数的向量，这里N是每个volume所含的层数。每一个数表示该层在图像(volume)中的位置。向量内的数字排列顺序是这

3、些层的获取时间顺序。如行向量[13579111315171921232524681012141618202224](在Matlab中可表示为[1:2:25,2:2,25])各种扫描类型和输入的层顺序如下：ascending升序扫描(firstslice=bottom):[1:1:nslices]；descending降序扫描(firstslice=top):[nslices:-1:1]；interleaved间隔扫描(middle-top):fork=1:nslices,round((nslices-k)/2+(rem((nslices-k),2)*(

4、nslices-1)/2))+1,end；interleaved(bottom->up):[1:2:nslices2:2:nslices]，如[1:2:25,2:2,25]；interleaved(top->down):[nslices:-2:1,nslices-1:-2:1]ReferenceSlice：我们输入“31”。选择参考层，通常选择nslice/2，如25层时选择13层作为参考层。FilenamePrefix，是指新生成的图像前加何标记，一般采用默认设置。最后点击面板上方的向右的绿色三角即开始运行。运行完后将会生成一系列a*.img文件，这

5、就是时间校准后的数据。注意：很多研究者容易将时间校准和空间校准顺序颠倒，一般的观点是如果图像获取是隔层（interleaved）进行的，如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，则要先进性slicetiming再进行realign,如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，则要先进行realign再做slicetiming。2：Realignment在预处理面板校准选项中选择“Realign(Est&Res)”，出现如下对话框，我们按下面设置进行：选中“data”,选择“NewSession”,然后

6、选中data下出现的“Session”选项。点击“SpecifyFiles”，用spm文件选择器选择刚做完时间校准的图像（a*.img）。其余选项采用默认设置，点击上方绿色的三角开始运行。3：Normalise在预处理面板标准化选项中选择“Normalise:Estimate&Write”，出现如下对话框：我们做如下设置：选中“data”——“newsubject”，在data下新出现的“subject”选项中作如下设置，“sourceimage”：选择空间校准步骤中生成的mean文件；“imagetowrite”：选择所有刚进行完校准的文件“ra*.

7、img”；“templateimage”：选择“EPI.nii”；“Boundingbox”:-90-126-72;9090108“Voxelsizes”：修改为333；其余采用默认设置，点绿三角运行。4：Smoothing在预处理面板标准化选项中选择“smooth”，出现如下对话框：我们在“imagetosmooth”选项中选择所有刚进行完标准化的文件“wra*.img”然后点绿三角运行即可。这里FWHM我们采用默认设置“888”。