磁共振实验数据SPM8处理流程.pdf

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1、磁共振实验数据SPM8处理说明一、数据准备为方便后续的数据处理，如果数据分散处理后整合，建议所有处理数据路径保持一致，要统一路径。处理前首先要采用数据转换软件将dicom数据转换成SPM解析格式，转换时格式请选择NIfTI，可用SPM输入面板中的DiCOMImport模块转换，也可以采用专门的转换软件，如MRIcovert。然后进行数据预处理，预处理结束后到matlab安装目录中备份spm*.ps文件，其中包含了空间校正和标准化的信息，然后进行建模分析。二、数据处理流程1：SliceTimingSpm8和以往版本一样，先安装matlab7.

2、1以上版本，然后将spm8文件夹放在matlab安装目录中，我们一般放在toolbox文件夹中，然后启动matlab用菜单中设置路径命令增加spm8的路径并保存。之后我们运行命令：spmfmri，这样将打开spm8的操作界面，我们称左上侧的窗口为按钮窗口(buttonwindow)，左下侧的窗口为输入窗口(inputwindow)，右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口(TreeBuildingWindoworthegraphicswindow)。SliceTimimg用来校正1个volume中层与层之间获取(采集)时间的差异，对事件相关设计的

3、实验尤为重要。我们在按钮窗口中的预处理面板中点击“SliceTimimg”，将出现如下对话框：在spm8和spm5中，每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板，如果一个分支项左面有“+”号，你可以双击显示子分支项，如果一个分支项右面有“<—X”号，你必须为之指定选项(否则不能运行该tree)，分支项的选项在其右侧面板指定，而帮助信息则在下面的面板中显示。如果我们处理数据没有特殊需求，我们只关心带有“<—X”项目并完成输入即可，其余均可采用默认设置。另外注意在TreeBuildingWindow的顶部菜单，新增了一个菜单项“TASKS”，在

4、使用批处理分析时非常重要。对上图右侧选项我们做如下设置：Data，点击data并在下面的面板中点击“newsession”,这样在data下会出现“session”的分支项，选中该项并点击面板下方的“selectfiles”，然后用spm文件选择器选择你要处理的数据，最后点击“down”。选择数据时可以把静息态、数值任务和物理大小任务分为三个session来选（data——newsession——session），也可以作为一个session来选，结果是一样的。NumberofSlices，我们输入每祯图像的层数，如“32”TR，我们输入重

5、复时间，一般为2秒，我们输入“2”TA，是每祯图像获取第一层开始到获取最后一层图像的时间间隔，我们输入TR-TR/nslice，可直接输入公式，如我们输入“2-2/32”Sliceorder，我们输入“1:2:31,2:2:32”。指定层获取顺序的层次序参数是一个含N个数的向量，这里N是每个volume所含的层数。每一个数表示该层在图像(volume)中的位置。向量内的数字排列顺序是这些层的获取时间顺序。如行向量[13579111315171921232524681012141618202224](在Matlab中可表示为[1:2:25,2

6、:2,25])各种扫描类型和输入的层顺序如下：ascending升序扫描(firstslice=bottom):[1:1:nslices]；descending降序扫描(firstslice=top):[nslices:-1:1]；interleaved间隔扫描(middle-top):fork=1:nslices,round((nslices-k)/2+(rem((nslices-k),2)*(nslices-1)/2))+1,end；interleaved(bottom->up):[1:2:nslices2:2:nslices]，如[1

7、:2:25,2:2,25]；interleaved(top->down):[nslices:-2:1,nslices-1:-2:1]ReferenceSlice,我们输入“31”。选择参考层，通常选择nslice/2，如25层时选择13层作为参考层。FilenamePrefix，是指新生成的图像前加何标记，一般采用默认设置。最后点击面板上方的向右的绿色三角即开始运行。运行完后将会生成一系列a*.img文件，这就是时间校准后的数据。注意很多研究者容易将时间校准和空间校准顺序颠倒，一般的观点是如果图像获取是隔层（interleaved）进行的，

8、如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，则要先进性slicetiming再进行realign,如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、