PyMOL简介与使用说明.pdf

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1、PyMOL简介及相关操作报告人：丁洁女组员：廖杨洁、杨承峰、段博、谭菲组号：G132013-1-18主要内容一、PyMOL简介•PyMOL概述•PyMOL的特点•PyMOL的界面介绍二、PyMOL功能三、PyMOL的基本操作•鼠标操作•命令操作四、PyMOL应用实例2Example3PyMOL概述•PyMOL是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件。由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC将它商业化。•Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol

2、”则是英文分子（molecule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。•PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。•网站：http://www.pymol.org/4PyMOL的特点优点强大的分子可视化软件高质量科学论文发表图形动画制作文档文件和会话文件并存鼠标操作与命令行操作免费的开放源码缺点缺乏足够的文件资料没有UNDO功能功能不完善IntroductiontoPyMOL5PyMO

3、L的界面介绍•PyMOL的使用界面：包括一个图形显示窗口和一个GUI窗口。•GUI是图形用户界面（GraphicalUserInterface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。•Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。6TheViewerWindow•A:Action•S:Show•H:Hide•L:Label•C:Color•PyMol可以同时打开多个PDB文件，或将某个PDB文件拆分成多个独立单元。每个PDB或独立单元可以通过”A

4、”中的”renameselection”重新命名后显示在NamesPanel上。7ASHLCmenu•ActionShowHideLabelColor8TheExternalGUIWindowStandardmenubarCommandinputfieldOutputregionButtons•与Viewerwindow相比的优势：能通过Ctrl−X,Ctrl−C,andCtrl−V使用剪切、复制、黏贴功能9PyMOL功能☞比对功能基于蛋白序列•Action->align•Pymol>align(2xuvandn.CA),(hdeaan

5、dn.CA)基于原子对•Wizard->PairFiting10☞测量距离•Pymol>distance(sele1),(sele2)角度•Pymol>angle(sele1),(sele2),(sele3)二面角•Pymol>Dihedral(sele1),(sele2),(sele3),(sele4)11☞二级结构归属•PyMOL具有快速合理的二级结构归属算法，即“dss”，但由于二级结构归属的主观因素，dss的结果可能会不同于PDB文件中DSSP程序的结果。•Pymol>dssselection•以2xuv.pdb为例•Py

6、mol>fetch2xuv#载入对象2xuv•Pymol>ascartoon#显示cartoon•Pymol>colorcyans,2xuv•Pymol>dss2xuv#对2xuv计算二级结构•Pymol>fetch2xuv,hdeb•#载入对象，命名为hdeb•Pymol>ascartoon#显示cartoon•Pymol>colormagentas,hdeb12☞立体效果PyMOL能够支持的立体图形模式：•Crosseyestereo•Walleyestereo•Hardwarestereo•Geowallstereo•Sideby

7、sidestereo•Quadbufferstereo相关命令•Pymol>stereoon#开启立体效果•Pymol>stereooff•Pymol>stereocrosseye#开启crosseye立体模式•注：如果hardwarestereo可用，那么quadbufferstereo是默认的立体模式，否则crosseyestereo是默认的。13GeowallstereoCrosseyestereoQuadbufferstereoSidebysidestereo14☞光线追踪•光线追踪能制作出最高质量的分子图像。PyMOL是第一个

8、拥有高速光线追踪器的全功能分子图像程序。通过ray命令或点击“Ray”按钮，可以光线追踪PyMOL内的任意图像。内置的光线追踪器也使组配高质量的动画成为可能。15☞探测静电力学•PyMOL能