pymol使用入门

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1、PyMOL使用入门生物大分子三维结构显示技术讲义PyMOL使用入门耿存亮gengcunliang@gmail.com2012年10月09日17PyMOL使用入门1.PyMOL简介PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必

2、上网站，其实这一个也就够了。2.PyMOL入门2.1模式显示及颜色显示PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。下面就以实例来认识一下PyMOL。打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。在命令框输入命令并回车pwd即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，比如改为D盘，输入命令并回车cdd:再用pwd命令查看一下当前工作路径。如下图所示：pwd:printworkingdirectioncd:

3、changedirection命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。如果像苹果机一样17PyMOL使用入门只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢？当然可以去PDB网站http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输入命令fetch7cel稍等片

4、刻，就会下载完毕并显示如下：刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢？按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（movezoom）。这个不用记，多按几下就熟了，实在忘了在右下角有提示的，如下图下载打开7cel的pdb文件后，在all小框下面会出现7cel小框，后面还跟着几个按键ASHLC，这几个按键后面会一点点介绍。先左键点击一下7cel小框，会发现结构消失了，被点击的小框也变暗了，这就是隐藏功能，再点击一下就会恢复，如下图所示17PyMOL使用入门7cel小框看到恢复后的

5、结构你一定感到一团糟吧，这都神马呀！上过王禄山老师的课后，应该清楚PDB文件就是具有一定格式的文本文档，里面记录着每个原子的三维坐标值，不信的话可用记事本打开PDB文件看一看。PyMOL所谓的结构显示就是读取每个原子的三维坐标，然后用一个点（球）来显示出来，原子之间的化学键用线表示。当然还可以用其他模式的显示，比如大家很熟悉的螺旋飘带模型，在PyMOL中叫cartoon模式，输入命令并回车ascartoon看着熟悉的α螺旋和β折叠，是不是感觉清爽多了？刚才的操作也可用鼠标完成，如下图所示点击7cel小框中的S按键，然后再点击cart

6、oon或者lines、sticks、ribbon等等。17PyMOL使用入门假如点击了lines，你会发现一团糟的结构又回来了，而cartoon模式没有消失。是的，这就是show和as的不同，show是指显示一种或多种模式，而as是指只显示为一种模式。as该点击哪里呢？仔细看一下上图就明了了。同时你也可能明白了S按键是Show的意思。命令显示多种模式showlinesshowsticksshowribbon怎么隐藏不想显示的模式呢？H按键就能办到，H是Hide的意思。点击H中的相应模式，就能使其隐藏。当然了命令也能办到，比如隐藏li

7、nes模式hidelines好了，现在输入ascartoon只显示cartoon模式，蛋白的三级结构显示地很清楚，二级结构中的α螺旋、β折叠和无规则卷曲也很清楚地显示了。咦？怎么蛋白是绿色的？难道蛋白真的是绿色的吗？蛋白到底是什么颜色我不清楚，这里显示的颜色是软件设置的默认颜色，既然是软件设置，那么当然可以改成其他颜色。这就要用到C按键，C是Color的意思。点击C按键你会看到下图所示的工具框，其中byelement指按元素类型着色，bychain按肽链着色，byss按二级结构着色（secondarystructure），spect

8、rum是指渐变色，还有red、green等等各种颜色。点击一下byss，你会发现α螺旋、β折叠和无规则卷曲显示成了不同的颜色，这样显示整个结构是不是更清楚了。17PyMOL使用入门那么怎么用命令实现着色呢？比如整个蛋白显示绿色，命令是