pymol使用教程

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1、简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要

2、的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自2006年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：§C++(gccorg++packagename)§Python§OpenGL§PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：§Python§P

3、mw§OpenGLdriver（我用的是NVdia）§libpng§Subversionclient（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$mkdirpymol-src$svncohttps://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录#cdpymol-src开始依次编译..#pythonsetup.pyinstall#pythonsetup2.pyinstall拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了#cp./pymol/usr/bin如果运行时得到错

4、误信息"ImportError:NomodulenamedPmw"，那么你应该运行#pythonsetup2.pyinstallpmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError:Nomodulenamed_tkinter"#USE="tcltk"emergepython好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。基本的鼠标操作里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。..当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为2窗口，上面

5、的外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI)。Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成，并且必须使用“Ctrl

6、＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件，有二种方法：1.在ExternalGUI中选择File－Open2.使用命令行：load..例如我们现在从www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：load2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：基本的图像操作:是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那

7、是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。先说说鼠标吧。·任意旋转图像：对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。·放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。·移动图像：对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。·设定图像旋转中心：Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。·移动剪切平面：Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整

8、前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面