pymol使用笔记

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1、做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。Pymol的笔记3软件安装与初始设置3Pml格式的右键菜单3软件使用难题与Bug3单字母标记氨基酸残基Windows用户3基本知识4景深4全屏4通用命令5例一5结构显示细调5选择6选择原子6选择侧链6选择骨架上的原子6选择钙离子6选择范围内原子6从选择的原子扩展到残基6color7彩虹

2、色（反彩虹色用：rainbow_rev）7颜色举例7label7label字体7设定label距离7label举例7label氨基酸残基7氢键8氢键概念8目前使用的氢键做法：8各种方法氢键数量比较8氢键做法汇总8结构叠加比对9Align命令用法9Wiki中的"align"命令9静电势APBS（目前没有大问题）10各种静电势方法总结10安装10精简的步骤10分链作图11动画11Pymol出动画图方法11手工抽图方法11每帧都被光线追踪11友立GIF动画使用11Pymol教程与实例12合用的教程分类12使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较12label驴子笔记12显示氢键（活性中心）14用来寻找

3、配体口袋的残基的一个pymol命令15其他结构描述方法15Contacttable15基本知识15用CCP4NCONT16用CCP4CONTACT/ACT16Interface16用PISA做结合分析16计算BSA的软件讨论16Ligplot17静电势DelPhi（有问题）17DelPhiv.5.1使用方法17Pymol打开DelPhi电势文件18Grasp2打开DelPhi电势文件18修结构方法搜集19修结构刚开始据说是要先修主链19修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置.19修结构重在整体形象。19修结构新番总结20过度修正20认清身边有毒的朋友21高考阅卷得到的

4、收获23附录23基本知识23RMSD(RootMeanSquaredDeviation)23氨基酸分组方法和代表性颜色23Pymolpml文件实例24C10IQsort24图像处理26批量裁剪264个大小相同的图片排成一个26未整理26某人总结的结构解析方法：26结构修正时遇到的问题和用到的小tips：27分子置换的步骤28COOT中添加小分子的方法28如何画出氢键28Pymol的笔记软件安装与初始设置安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。.bat文件内容如下：（D:Temp

5、，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便，pymol安装用的msi文件名的简写）msiexec/iD:Temppyt.msi新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到"C:UsersYOU"，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:Python27Scriptspymol.cmd。Pml格式的右键菜单后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方

6、法如下：在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为："C:WindowsSystem32NOTEPAD.EXE""%1"软件使用难题与Bug2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_colorwhite设定背景色后，label就不显示了。单字母标记氨基酸残基Windows用户windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：'pymolrc','pymolrc.py'or'pymolrc.pym'从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安

7、装目录即可,无需后缀名。1.6版的PyMOL目录下还有一个.pymolrc_example文件，也包括单字母氨基酸的命令。pymolrc文件里起作用的是这一段#start$HOME/.pymolrcmodificationsingle={'VAL':'V','ILE':'I','LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q','ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H',