pymol教程-09.7.23

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1、》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23PyMOL用户指南目录一、鼠标操作入门4(这个数字是超链接，ctrl+左键)1.启动41)通过鼠标42)通过命令行42.PyMOL窗口41)Virewer窗口42)外部GUI窗口53.下载PDB文件54.操控视图61)基本鼠标控制62)虚拟滚动球旋转73)移动截面74)改变旋转中心点85)简单回顾9二、命令行操作入门91.记录结果92.载入数据93.操控对象（Object）101)原子选择112)对象和选择的着色123)对象和选择的on/off124.改变视点135.保存工作131)脚本

2、和日志文件132)图像文件143)会话文件146.命令行快捷键141)用TAB键完成命令152)用TAB键完成文件名153)自动推理157.其他命令和帮助15注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示山东大学生命科学学院lswanglab39/39》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23一、命令句法和原子选择161.语法161)选择表达162)原子选择命名163)单字选择符4)属性选择符185)选择代数206)宏指令212.从PyMOL中读取Python22二、卡通表示231.背景231)可达性232

3、)美化和精确232.定制化251)卡通类型252)精美螺旋283.二级结构归属29三、光线追踪301.重要设置302.保存图片31四、立体效果311.支持的立体模式312.制作立体图片313.相关命令31五、动画321.概念322.重要命令321)Load2)Mset3)Mdo4)Mmatrix3.简单举例334.复杂举例335.预览ray-traced动画图片341)Cache_frames山东大学生命科学学院lswanglab39/39》》》PyMOL用户指南《《《09.7.231)mclear1.保存动画34一、高级鼠标控制

4、341.选择原子和键342.“pk”原子选择的应用举例353.“lb”和“rb”选择354.构象编辑35二、晶体应用351.晶体对称性351)Load2)Symexp2.电子密度图361)Load2)Isomesh和isodot三、汇编图形对象（CGO）和Molscriptribbons371.简介372.Molscriptribbons371)Load2)UsingMolscript3.创建CGOs384.CGO参考38lNOTES:ü本教程以PyMOLuser’sguide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。ü本教程只介绍PyM

5、OL在windows系统下的应用ü本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件ü本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解ü如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆PyMOLwiki（http://PyMOLwiki.org）或咨询他人等途径解决疑难ü本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题ü译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！ü本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。山东大学生命科学学院lswanglab3

6、9/39》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23一、鼠标操作入门1.启动1)通过鼠标打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。2)通过命令行在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：c:programfilesdelanoscientificPyMOLPyMOLwin.exe如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。2.PyMOL窗口PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：PyMOL的

7、两个窗口GUI是图形用户界面（GraphicalUserInterface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL默认有两个GUI：内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。1)Viewer窗口PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。山东大学生命科学学院lswanglab39/39》》》PyMOL用户指南《《《09.

8、7.23PyMOL的Viewer窗口和内部GUI（默认）窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atomselection注意：原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对object而言）进行操作。从