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1、1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.Merge后exportstructure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选byeleme
2、nt2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polarcontacks/tootheratomsinobject,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为byelement11.再选display，将background改成white12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residues1
3、3.label出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50%蛋白的透明度Setting/label/size18调节字体的大小Setting/editallcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车)//或者输入命令Pymol>setcartoon_colorwhite在改氢键的线型,在dashgap
4、lengthwidth进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)downloadmaps1)选ccp4格式,generatemap2)下载后解压,重命名为*.map.ccp43)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue4)选中lig,在PyMOL输入isomeshmap,2j50.map,2.0,sele,carve=1.61)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50
5、.map_mesh关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/saveimageas输出.png
