PyMOL的应用简介

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1、PyMOL的应用简介Brief-instructionofPyMOL报告人：王帅组员：孙亮、高明、李倩倩、王帅(组长)单位：CAAS.G13研究所：哈尔滨兽医研究所2012/7/31目录•PyMOL的概述•PyMOL的界面介绍•PyMOL的基本界面操作•PyMOL对蛋白质实例解析•PyMOL命令操作简介2012/7/32PyMOL的概述•PyMol是一款多平台分子三维图像显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。Pymol名字的来源：“Py”表示该软件

2、基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。2012/7/33PyMOL的界面介绍•PyMOL界面分为2个窗口，外部GUI窗口（ExternalGUI）和ViewerWindow。•ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI)。•Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的

3、PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。•ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。2012/7/34PyMOL的界面介绍•PyMOL界面分为2个窗口，外部GUI窗口（ExternalGUI）和ViewerWindow。•ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI)。•Viewer自身包含一个命令行（如图中左

4、下方的PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。•ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。2012/7/352012/7/36PyMOL基本界面操作•Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。•标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。•

5、在PyMOL中，鼠标是主要的控制设备，键盘的修饰按键（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在调整按钮操作时使用。键盘鼠标左键中键右键旋转图像（虚拟滚在XY上移动图像在Z上移动图像动球rotate）（translate平移）（zoom变焦）Shift移动截面Ctrl2012/7/37Shift+Ctrl回到旋转起始PyMOL基本界面操作•PyMol可以同时打开多个PDB文件，或者将复杂的PDB文件分解成几个单独成分。每一个打开的PDB文件在“NamesPanel”中显示其名称。第一个名字总是“all”。点击名称会显示

6、其对应的蛋白质分子构型。•ASHLC菜单是Action、Show、Hide、Lable、Color的简称。2012/7/382012/7/39PyMOL基本界面操作2012/7/3PyMol对象的操控既可用鼠标，也可用命令。10PyMOL基本界面操作PyMOL提供的可用图形画面包括以下几种：•Pymol>showrepresentation•Pymol>hiderepresentation•其中representation可以为：cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesh。2012/7

7、/311PyMOL基本界面操作立体画面：2012/7/312wall-eyestereoQuad-BufferedStereo2012/7/313cross-eyestereoAnaglyphstereoPyMOL对蛋白质实例解析在PDB数据库中下载编号为1REI、2QSQ两蛋白序列，并应用PyMOL软件进行分析。2012/7/314演示Cartoon图像1.点击S，选择cartoon。图像中显示出cartoon和线框，结果如上图。2.去除线框：点击H，选择lines，结果如下图。注：S和H是两个相反的功能，一个是显示相关

8、属性，另一个则是关闭该属性。2012/7/315•在外部GUI窗口（ExternalGUI）中，我们可以点击“setting”下拉菜单，选择“cartoon”对其进行显示设置。其它许多选项也可通过该下拉菜单进行自定义设置。•很容易对图像中的alpha-helices、belta-sheets、loops