海蓬子属植物est序列的ssr信息分析与标记开发

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1、江苏农业学报(JiangsuofSci．)，2013，29(6)：1271～1277http：／／www．JsnYXb．conl271黄益洪，张强，张大勇，等．海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发[J]．江苏农业学报，2013，29(6)：1271．1277doi：10．3969／j．issn．1000-4440．2013．06．015海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发黄益洪，张强，张大勇，徐照龙，许玲，刘晓庆，何晓兰，马鸿翔(1．江苏省农业生物学重点实验室，江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏南京210014；2．南京晓庄学

2、院，江苏南京211171)摘要：为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征，开发海蓬子EST．SSR引物，从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列，利用Crossmatch等软件过滤掉载体序列、polyA／T和过短或过长的低质量序列，经CAP3软件拼接后获得非冗余EST，然后用在线软件SSRIT从这些序列中查找SSR，采用primer5．0软件设计SSR引物，并进行PCR扩增，对引物适用性进行评价。结果表明，截止2013年5月，NCBI数据库共有海蓬子相关EST序列1439条，经软件处理后获得无冗余EST序列1139条，总长542084bp，从这些序列

3、中搜索到210个SSR，分布于167条EST中，出现频率为14．66％。SSR平均分布距离为2．58kb，平均长度为14．56bp；三核苷酸重复是主导类型，占EST—SSRs总数的40．95％，其次为四核苷酸和五核苷酸重复，分别占29．52％和13．33％；二核苷酸占11．90％，六核苷酸最少，仅占4．29％。在所有类型的重复基元中，ACT／AGT类型最多，占10．95％，其次为AAT／ArITI'和ACG／CGT，分别占8．10％和6．67％。随机挑选了30个SSR位点，根据其两侧保守序列，设计并合成了相应的EST—SSR引物，对海蓬子DNA进行PCR检

4、测分析，结果有14对引物获得了清晰的条带，进一步将其中的5对引物对10个样本小群体进行了验证，结果显示有较好的多态性。该研究结果表明海蓬子EST序列中含有高频率的SSR位点，EST-SSR标记开发效率较高，为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的EST-SSR引物。关键词：海蓬子属；EST；SSR分析；标记开发中图分类号：Q78文献标识码：A文章编号：1000-4440(2013)06—1271-07CharacteristicsofSSRsderivedmESTsanddevelopmentofEST-SSRmarkersinSalicorniap

5、lantsHUANGYi—hong，ZHANGQiang'，ZHANGDayong，XUZhao．1ong，XULing，LIUXiao-qing，HEXiao．1an，MAHong．xiang(1．ProvincialKeyLaboratoryofAgrobiology，InstituteofAgro-biotechnology，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，Nanjing210014，China；2．Nan·ringXiaozhuangUniversity，Nanjing211171，China)Abstra

6、ct：ToanalyzethecharacteristicsofSSRsderivedfromSalicorniaplantsESTs(expressedsequencetag)，andtodevelopEST—SSRmarkers，allESTssequencesfromSalicorniaplantsandcloselyrelatedspeciesweredownloadedwithfromNCBIdatabase．Asetofsoftwaresuchascrossmatchwasusedfortheremovalofvectorsequence，po

7、lyA／T，low-qualitysequences，segmentsshorterthan100bporlongerthan700bpinover—longESTsequence．Non—redundantES—TswasobtainedbysequenceassemblyusingCAP3software，andanalyzedonlinebySSRIT，awebtoolforSSRhunting．Primet5．0softwarewasusedtodesignPCRprimersand收稿日期：2013-08—18estimatetheusabili

8、tyofEST．SSRprimers．ThePCR基金项目：江苏省