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1、第18卷第1期化 学 进 展Vol.18No.12006年1月PROGRESSINCHEMISTRYJan.,2006计算机辅助药物设计中的多维定量构效关系模型化方法1111,23梁桂兆 梅 虎 周 原 李志良(11生物力学与组织工程教育部重点实验室(重庆大学) 重庆400044;21重庆大学化学化工学院 重庆400044)摘 要 多维定量构效关系(MDQSAR)在计算机辅助药物设计中得到了广泛而成功的应用,结合本研究组的工作,本文系统综述了建立各种MDQSAR模型的方法和策略,对近年来有关的MDQSAR应用
2、研究进展进行了回顾,并对其在新世纪药物设计中应用前景做了展望。关键词 多维定量构效关系 计算机辅助药物设计 模型化中图分类号:R914文献标识码:A文章编号:10052281X(2006)0120120208ModelingTechniquesofMultidimensionalQuantitativeStructure2ActivityRelationshipinComputer2AidedDrugDesign1111,23LiangGuizhaoMeiHuZhouYuanLiZhiliang(11KeyL
3、aboratoryofBiomechanicsandTissueEngineering,MinistryofEducation(ChongqingUniversity,Chongqing400044,China);21CollegeofChemistryandChemicalEngineering,Chongqing400044,China)AbstractMultidimensionalquantitativestructure2activityrelationship(MDQSAR)hasbeensucc
4、essfullyappliedasacrucialtechniqueforcomputer2aideddrugdesign(CADD)invariousfields.Basedonplentifulliteratures,differentstrategiesandvariousmethodologiesofMDQSARaresystematicallysummarizedbycombiningwithresearchworksinauthorsplaboratory.RecentprogressofMDQS
5、ARinCADDisreviewed.Keywordsmultidimensionalquantitativestructure2activityrelationship(MDQSAR);computer2aideddrugdesign(CADD);molecularmodelingandoptimization惊人成就,计算机辅助药物设计(computer2aideddrug1 引 言design,CADD)在新药开发中起到越来越重要的作[4—7]Fisher提出“LockandKey”学说已有110年的历
6、用,CADD的理论和方法不断走向成熟。CADD史了,在这一段时间里,此学说曾指引着药物设计工分为直接药物设计和间接药物设计,作为一种间接作者进行药物创制研究。与此同时,制药技术也得方法,多维定量构效关系(multidimensionalquantitative到了突飞猛进的发展,但直到今天仍然有40%以上structure2activityrelationship,MDQSAR)在CADD中得[1,2][4]的疾病不能治疗。现在制药工业仍然受两个瓶到了广泛的应用。颈的制约:一是相关药靶的寻找;二是高质量(没有
7、MDQSAR技术对于澄清肆虐于人类中的顽疾[8,9]严重的副作用、良好的药代动力学性质、易合成、低的机理是很重要的工具。利用MDQSAR模型可[3]成本)化合物的合成。随着生物信息学、化学生物预测化合物的ADMET(adsorption,distribution,学、分子生物学和计算机技术等学科的迅速发展与metabolism,elimination,andtoxicity)以及指导新药设收稿:2004年12月,收修改稿:2005年7月3通讯联系人 e2mail:zlli2662@163.com第1期梁桂兆等
8、 计算机辅助药物设计中的多维定量构效关系模型化方法·121·计与合成。MDQSAR可以为药物化学理解化合物式中A0是基准化合物的理论活性负对数值,Pij表的结构和功能之间的关系提供有益的帮助,能够克示第i个亚结构在第j取代位上有(Pij=1)或无(Pij服“黑箱(black2box)效应”式的盲目摸索造成的浪=0),Aij表示第i取代基在第j位上对活性的贡献。费,以最少的成本直接获得高性能的化学实体
