3个生态群杏品种遗传多样性ssr研究

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1、3个生态群杏品种遗传多样性SSR研究　　摘要利用8对SSR引物对中亚生态群、华北生态群、欧洲生态群30个杏品种进行了分析。结果表明，在遗传相似系数为0.73时，供试材料分为3组，第1组包括欧洲生态群10个品种和中亚生态群2个品种；第2组包括华北生态群10个品种和中亚生态群5个品种；第3组包括中亚生态群3个品种。其中3对引物（aprigms1、aprigms6、UDP96-018b）在中亚生态群杏中扩增出了特殊基因，1对引物（UDP96-003b）在华北生态群杏中扩增出了特殊基因。中亚生态群杏品种的遗传多样性

2、最为丰富，与华北生态群杏品种亲缘关系较近，可能是我国栽培杏的起源中心。关键词杏生态地理群SSR遗传多样性6目前，杏的起源方面，我国被世界公认是杏原生起源中心，研究认为天山野杏是我国栽培杏的直接祖先，也是世界杏起源演化中心。杏品种繁多，仅我国就有2000余个，根据杏地理分布和气候条件将栽培杏分为5个生态地理群。有关杏不同生态地理群品种的起源以及品种之间亲缘关系的研究，何天明等应用SSR对新疆栽培杏的群体遗传结构进行了分析，把22份新疆栽培杏分成4个主要组；Pedryc用G1连锁群上开发的引物对不同生态地理群杏

3、品种进行遗传多样性分析认为，杂合度最高的为亚洲生态群，而最低的为中欧生态群。本研究以中亚生态群杏、欧洲生态群杏和华北生态群杏为试验材料，利用建立和优化的SSR反应体系，对这3个生态群杏品种进行分析，旨在进一步分析其亲缘关系和遗传多样性。1材料和方法1.1试验材料中亚生态群杏品种于2009年9月采自新疆轮台国家果树资源圃，欧洲生态群杏和华北生态群杏品种取自中国农业大学科技园，采集1年生健康枝上的新鲜叶片，液氮处理后保存于中国农业大学实验室-80℃冰箱中备用。3个生态群杏品种名称及来源见表1。1.2试验方法1.

4、2.1DNA提取基因组DNA的提取采用CTAB法，取0.5g叶片在液氮中研磨成粉末，利用紫外分光光度计及1%琼脂糖凝胶电泳法检测所提取的DNA浓度和质量。样品稀释到所需要的浓度后，置-20℃备用。1.2.2PCR体系建立及引物筛选6在10μL体系中以杏DNA为模板，退火温度梯度设计为52、54、56、58、60、62、64、66℃；模板DNA浓度设计为25、50、75、100ng；引物浓度梯度为0.4、0.6、0.8、1.0μmol/L；dNTPs浓度梯度为0.10、0.15、0.20、0.25mmol/L

5、；TaqDNA聚合酶浓度梯度为0.5、1.0、1.5、2.0U；SSR扩增程序：94℃预变性5min，35个循环（94℃30s，不同退火温度30s，72℃45s），72℃延伸7min。通过查阅相关原始文献，找到引物信息，并在上海英俊生物技术有限公司进行合成。1.2.3聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染SSR扩增产物在8%非变性聚丙烯酰胺胶中电泳分离，电泳使用JY-ECP3000型电泳仪和JY-CX2B垂直板电泳槽。电泳结束后采用强碱银染，并照相保存。1.2.4统计分析利用NTSYSpc-2.11F软件进行数据分析，对

6、原始矩阵用SimQual程序求DICE相似系数矩阵，并获得相似系数矩阵。用SHAN程序中的UPGMA方法进行聚类分析，并通过Treeplot模块生成聚类图，同时利用POPGEN计算出观察杂合度（Ho）和期望杂合度（He）。2结果与分析2.1适宜杏SSR体系建立通过优化筛选，得出了适合3个生态群杏品种的SSR-PCR扩增体系：10μL反应体系中引物0.6μmol/L、dNTPs0.15mmol/L、TaqDNA聚合酶1.0U、模板DNA25ng，退火温度为58℃。SSR扩增程序为：94℃预变性5min，30个

7、循环（94℃30s，58℃30s，72℃45s），72℃延伸7min。62.2引物筛选利用上述SSR-PCR体系，以杏DNA为模板对25对引物进行筛选。结果表明，有8对引物能得到重复性好、稳定性高且清晰的条带。这8对引物分别是：aprigmsl.aprigms6、UDAp-414，UDP96-003b、UDP96-018b、UDP98-411b、CPDCT016、UDAp-420。利用UDP96-003b引物对30个杏品种进行扩增，得到清晰的多态性条带（图1）。2.3引物扩增结果利用8对引物对30个杏品种进

8、行SSR扩增，共扩增出96条带，即96个等位基因，其中UDP96-018b引物扩增总带数为10条，CPDCT016引物扩增总带数为15条，平均每个位点扩增等位基因数为12.0个；多态性条带百分率在83.33%～100.00%（表2）。2.43个生态群杏品种遗传多样性分析利用筛选出的8对引物分析3个生态地理群杏品种的遗传多样性，结果如图2所示。在遗传相似系数为0.73时，供试材料分为3组，第1组包括全部的欧洲生态群