基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析.pdf

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1、南方农业学报JournalofSouthernAgriculture2016．47(3)：325—331ISSN2095—1191；CODENNNXAABDOI：10．39690：issn．2095—1191．2016．03．325http：／／www．nfnyxb．con基于EST序列的玫瑰EST—SNP位点发掘与分析梁芳1，张继2，吕平2，龙凌云z，黄惠芳z，檀小辉：，韦丽君2+(1玉林师范学院／广西高校桂东南珍稀经济物种保护利用重点实验室培育基地，广西玉林537000；2广西亚热带作物研究所，南宁53

2、0001)，一摘要：【目的】发掘出一批玫瑰SNP候选位点，为进一步开发玫瑰EST—SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础。【方法】从美国国立生物技术信息中心(NcBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列，经生物信息学方法分析，发掘玫瑰EST—SNP位点，并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析。【结果】X寸27125条EST进行拼接，共得到3544条重叠群(Contigs)，其中有243个Contigs含有SNP候选位点。从中筛选出224个候选EST．SNP位点，其碱基突变类型

3、中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59．8％和27．2％。通过序列比对分析，发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科)，其中来源于野草莓的基因最多(85")，另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性。【结论】NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大，足够发掘出大量的SNP标记，使得以EST．SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性。关键词：玫瑰；ES’r序列；SNP位点；生物信息学；NCBI中图分类号：$685．12文献标志码：

4、A文章编号：2095—1191(2016)03—325—07DiscoveryandanalysisofRosarugosaEST-SNPsitebasedonESTsequencesLIANGFan91，ZHANGJi2，LYUPin92，LONGLing-yun2，HUANGHut-fan92，TANXiao—hut2．WEILi-jun2+(1YulinNormalUniversity／GuangxiUniversitiesKeyLaboratoryCultivationBaseforConserva

5、tionandUtilizationofRareSpeciesinSoutheastGuangxi，Yulin，Guangxi537000，China；2GuangxiSubtropicalCropsResearchInstitute，Nanning530001，China)Abstract：【Objectwe】ThepresentexperimentwasconductedtodiscoveranumberofRosarugosaSNPcandidatesites，inordertolaythefound

6、ationforfurtherdevelopingR．rugosaEsT—SNPmarkers，andstudyinggeneticbackgroundofR．rugosaandmolecularmarkersofitsrelatedtraits．【Method】Atotalof27125R．rugosaESTsequencesweredown一10adedfromthedbESTdatabaseofNationalCenterofBiotechnologyInformation(NCBI)．ThenR．r

7、ugosaEST—SNPsiteswereinvestigated，anditsnucleotidesequenceswereanalysedbybioinformaticsmethods．【Result】，I'}leresultsshowedthat，atotalof3544configswereobtainedbysplicing27125ESTsequences。and243ofwhichcontainedSNPcandidatesites．And224EST—SNPcandidatesiteswer

8、eselectedfromthem．andthenumbersofbasetransitionandtransversioninbasemutationaccountedfor59．8％and27．2％oftotalnumberofSNPcandidatesites．respectively．Throughsequencealign—mentanalysis。itwasfoundthat22SNPsiteswer