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《微卫星技术（SSR）及其对海洋生物的遗传研究进展【文献综述】》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、毕业论文文献综述生物工程微卫星技术（SSR）及其对海洋生物的遗传研究进展摘要：DNA简单重复序列从1974年在海洋生物中被发现,到1989年“微卫星”术语开始使用这段时间是这种新型分子标记技术的发展阶段。伴随着PCR技术的发明、成熟与拓展,微卫星DNA以其多态性高、随机分布、共显性遗传、重复性好等特点在生物学的个体及系统发育方面得到很广泛的应用。本文详细地介绍了如何运用微卫星DNA分子标记的基本原理及方法,对不同壳色花纹文蛤进行遗传分析，然后概括了在海洋动、植物的遗传学中,微卫星DNA在遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因鉴定和标记以及系谱认证等
2、领域的研究,展望了其在海洋生物分子育种、基因克隆、生物保护等方面的应用前景。关键词：分子标记；微卫星DNA；PCR技术；遗传多样性；遗传图谱。近年来,微卫星作为一种分子标记,已成为种群研究和进化生物学最常用的分子标记之一,广泛地应用于生物杂交育种、遗传连锁图谱、种群遗传多样性、系统发生等研究领域。[1]1微卫星DNA分子标记的基本原理微卫星是指以少数几个核苷酸(多数为2～6个)为单位的多次串联重复的DNA序列,如(CA/GT)n、(AG/TC)n等(n为核心基本序列重复次数)，亦称简单重复序列(simplesequencerepeats,SSR
3、)、短串联重复(shorttandemrepeats,STR)、简单序列长度多态性(simplesequencelengthpolymorphism,SSLP)等。在基因组中，微卫星座位一般是由核心序列和两侧序列组成的。其中,微卫星DNA核心序列重复次数的增加或减少，即微卫星DNA长度的变化，是产生其多态性的根源，从而导致微卫星核心序列突变率相对较高(10-5～10-3)，而每个微卫星座位的两侧一般是相对保守的单拷贝序列。微卫星DNA标记的筛选，关键是要了解微卫星座位两侧的核苷酸序列,寻找其中的特异保守区以设计引物。具体操作过程包括DNA文库的
4、构建，含微卫星DNA克隆的筛选、鉴定和测序，也可以通过GenBank、EMBL和DDBJ等DNA序列数据搜索微卫星序列，再根据微卫星两侧序列在同一物种内高度保守的特性，设计一对特异性引物来扩增微卫星序列，后经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、染色，通过谱带相对迁移距离的比较，便可知某个微卫星座位上的多态性。[2]2微卫星DNA分子标记的主要步骤微卫星标记的实验步骤简便易行,主要包括微卫星的获得、微卫星引物的设计、PCR扩增和产物的检测。[12]2.1微卫星位点的获得主要有两种方法:包括经典的分子克隆法和现代的磁珠富集法。这两种方法都是首先构建小片断基因组
5、文库(一般为150～500bp),经典的方法是利用同位素标记,磁珠富集法用生物素标记的重复寡核苷酸作为探针对文库进行筛选,一般说来,应该根据不同的物种设计不同的重复寡核苷酸来筛选阳性克隆。根据得到的阳性克隆进行测序,就可以得到微卫星序列,进行引物设计及研究分析。也可以通过构建cDNA文库,克隆后对克隆载体直接进行测序分析,由于无效等位基因的存在,使得一些获得的微卫星位点偏离孟德尔遗传,因此,在使用微卫星标记之前,应先检测其孟德尔遗传形式,去除无效等位基因。2.2引物设计及PCR扩增[7]微卫星的引物长度一般为18～24bp,退火温度为50～58
6、℃,遵循引物设计原则,G+C含量应在45%以上。设计引物可以应用Primer5.0进行设计,也可以直接利用已发表的相关引物。由于不同的引物需要不同的反应条件,因此,应首先摸索最佳的反应条件(如模板浓度、退火温度和酶的用量等),再进行PCR扩增。2.3扩增产物的检测及分析微卫星的扩增产物可以通过几种方法进行检测：一是用约3%的琼脂糖或非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,EB染色；二是用5%～7%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,进行银染,凝胶成像仪进行照相分析；三是通过自动化DNA分析仪进行检测。通过生物信息学软件进行分析。2微卫星标记的特点[12]3.1共显性遗
7、传特性与其它遗传标记(如RFLP、RAPD等)不同,微卫星标记表现为共显性遗传特性,即对来自亲本双方的等位基因型可以同时表现出来,因而可以用于杂交子代的鉴别等。3.2 数量多、分布广泛而均匀Hamada等指出,在人类基因组中,平均每10～50kb片段有一个微卫星位点。微卫星广泛分布在基因组中,除染色体的着丝粒及端粒区域外,染色体的其它区域广泛分布微卫星。[3]道指出,有大量的微卫星位于蛋白质的转录区,包括蛋白编码区和表达序列标签区。但这些区域的微卫星数量是有限的,一般<20%。3.3 多态性丰富、杂合度高、通用性好微卫星分子标记的一个显著特点是
8、高度的多态性,经常是一个微卫星位点具有多个等位基因。形成高多态性的机理目前比较公认的理论是“滑动错配"和姐妹染色体的不等交换。一般说来,一个微卫星DN
