膀胱癌相关易感基因的生物信息分析

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1、膀胱癌相关易感基因的生物信息分析任春贞骆亚莉刘永琦庄梦婕龚红霞李玲王凤梅卢志伟甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中共建教育部重点实验室摘要：目的:归纳分析膀胱癌易感基因的相关文献，并进行生物信息学分析，为进一步的研究提供参考依据。方法:检索Pubmed.屮国知网、万方三大数据库2006年1月1日-2015年12月31日发表的文献，摘录膀胱癌易感基因并进行生物信息学分析。结果:共检索有效文献405篇，摘录膀胱癌相关易感基因188个，不同分级的基因木体论(GO)分类201种，京都基因与基因组百科全书数据库(KEG

2、G)通路7种。GO分类这些基因主要与细胞损伤修复、免疫反应、细胞周期调节、炎性反应、DNA损伤修复、凋亡和抗原递呈等有关。KEGG通路主要是参与细胞受体相互作用、细胞凋亡、信号转导通路、氨基酸和脂肪酸代谢等。在线STRING软件构建其中166个可翻译成蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图，提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互关系。进一步运用Cytoscape软件将STRING软件所构建的蛋白网络图可视化及量化，筛选出TP53、MTHFR、TL6.CDKN2A、GSTP1共5个基因。结论:通过对膀胱癌易感基因的生物分析

3、研究，TP53、MTIIFR、1L6、CDKN2A、GSTP1共5个基因可能为膀胱癌易感关键基因。关键词：膀胱癌；易感基因;生物信息学;文献计量学;TP53;MTHFR;TL6;CDK72A;GSTP1;作者简介：刘永琦，甘肃省兰州市城关区定西东路35号甘肃屮医药大学，邮编:730000,电话:0931-8765600E-mail:liuyongqi73@163.com收稿日期：2016年10月11日基金：国家自然科学基金项目(No.81473457)Bioinformaticsanalysisoftherelate

4、dsusceptibilitygenesinbladdercancerRENChun-zhenLUOYa-liLIUYong-qiZHUANGMeng-jieGONGHong-xiaLILingWANGFeng-meiLUZhi-weiProvincial-LevelKeyLaboratoryforMolecularMedicineofMajorDiseasesandStudyonPreventionandTreatmentofTraditionalChineseMedicine,GansuUniversityofC

5、hineseMedicine;Abstract：Objective:Tosummarizetherelatedliteraturesoftherelatedsusceptibilitygenesinbladdercancerandcarryoutbioinformaticsanalysis,andtoprovidereferenceforfurtherresearch.Methods:LiteraturepublishedonPubmed,CNKIandWangfangdatafrom1January2006to31

6、December2015werecollccted.Thesusceptibilitygenesinbladdercancerwereextractedandanalyzedbybioinformatics.Results:Fourhundredandfiveeffectiveliteraturewerecollected,onehundredandeighty-eightsusceptibilitygenesinbladdercancerwereextracted,201kindsofdifferentgrades

7、geneontology(GO)inclassificationwerecollccted,and7pathwaysofKyotoEncyclopediaofGenesandGenomesdatabase(KEGG)wereextracted.Thesegenesweremainlyassociatedwithcellularinjuryandrepair,immuneresponse,cellcycleregulation,inflammation,DNAdamagerepair,apoptosis,antigen

8、presentation,andsoon.KEGGpathwayweremainlyinvolvedincellreceptorsignalingpathways,cellcyclercgulation,poisondegradation,aminoacidsandfattyacidmetabolism.Onehundredandsixty-s