拟缘鱼央(Liobagrusmarginatoides)遗传多样性及其种群结构分析

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1、重庆师范大学硕士学位论文拟缘鱼央（Liobagrusmarginatoides）遗传多样性及其种群结构分析硕士研究生：贾向阳指导教师：李英文教授汪登强副研究员学科专业：生物化学与分子生物学所在学院：生命科学学院重庆师范大学二○一四年四月万方数据AThesisSubmittedtoChongqingNormalUniversityinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterTheanalysisofGeneticStructureofLiobagrusmargina

2、toidesendemictotheUpperYangtzeRiverCandidate：JiaXiangyangSupervisor：Prof.YingwenLiProf.DengqiangWangMajor：BiochemistryandMolecularBiologyCollege：CollegeofLifeSciencesChongqingNormalUniversityApril2014万方数据重庆师范大学硕士学位论文中文摘要拟缘鱼央（Liobagrusmarginatoides）遗传多样性及其种群结构分析摘要拟缘鱼央（L

3、iobagrusmarginatoides），隶属硬骨鱼纲（Teleostei）、鲇形目（Siluriformes)、钝头鮠科(Amblycipitidae)、鱼央属(Liobagrus)，是我国长江上游水系特有的一种小型鱼类。通常长江上游水系，包括：长江干流、金沙江、岷江、嘉陵江等，近年来长江上游水系大规模兴建了一系列的梯级水电工程以及水体污染等因素，在很大程度上改变了拟缘鱼央生存流域的环境。因此，为了了解拟缘鱼央遗传多样性及其种群遗传结构情况，本文从核基因组和线粒体基因组入手，利用自开发的微卫星分子标记和线粒体基因组DNA分子标

4、记，对采集于长江上游水系的拟缘鱼央6个地理种群进行数据分析,主要的研究结果有如下几方面：1.利用线粒体DNA对拟缘鱼央进行种群遗传结构分析（1）通过对鱼央属4种鱼：黑尾鱼央、白缘鱼央、金氏鱼央、拟缘鱼央，线粒体基因组序列进行比对分析，筛选出16SRNA、D-loop、Cytb基因作为拟缘鱼央遗传结构分析的分子标记。利用16SRNA分子标记对142条拟缘鱼央序列进行分析，共检测出26个变异位点、11个单倍型，单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.34112和0.00067；用D-loop分子标记数据分析134尾拟缘鱼央，

5、总共检测出38个变异位点、39个单倍型，单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.68230和0.00188。用Cytb基因标记分析145尾拟缘鱼央，检测出变异位点21个、单倍型16个，单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.26858和0.00087。与同属于长江流域的其他鱼类相比较，如长鳍吻鮈、圆口铜鱼等，拟缘鱼央种群的遗传多样性程度比较低。（2）通过对单倍型的网络分布图及其系统发育树分析发现，拟缘鱼央单倍型分布情况与地理位置有一定的对应关系。通过16SRNA片段、Cytb和D-loop3个分子标记分析基因

6、流(Nm)和分子变异方差分析(AMOVA)，数据表明：拟缘鱼央6个群体间的基因交流比较频繁，遗传变异主要来自于群体内，群体间虽无显著性遗传分化，但长江上游干流群体与其支流群体出现了初步的遗传分化。(3)根据16SRNA片段、Cytb和D-loop分析数据描绘的错配分布图和Fu'sFs、I万方数据重庆师范大学硕士学位论文中文摘要Tajima'sD中性检验结果表明，拟缘鱼央历史上最近经历过了种群扩张事件，但群体扩张效果并不显著。2.微卫星的筛选及分析（1）利用磁珠富集的方法构建拟缘鱼央的微卫星DNA文库，经过克隆筛选，总共挑选出86个阳

7、性克隆送商业公司测序，反馈显示其中有39个阳性克隆适合于微卫星引物设计。通过PCR技术，对设计的39对微卫星引物进行初步筛选，发现扩增的DNA条带清晰并且具有较高的多态性的引物有15对，余下24对引物的扩增结果不理想：单态或者扩增条带不清晰；选取其中12对微卫星引物用于种群结构分析。在拟缘鱼央的12个基因座位上分别检测到9(LM-11)-41(LM-17)个等位基因，总共有275个等位基因，平均每个位点22.92个等位基因，多态性信息含量PIC较为丰富，在0.46535(LM-11)-0.96748(LM-17)之间。Hardy–W

8、einbergequilibrium检验结果显示，拟缘鱼央的6个群体中都存在某些微卫星位点偏离HW检验的情况，其中LM-17座位在除江津、南充的其它4个群体中均偏离了平衡。可能的原因是检测样本量不足、位点突变或者种间杂交等。（2）拟缘