生物信息学资源1

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1、生物信息学Bioinformatics1复习:细胞蛋白质核酸第二章生物信息学的生物学基础2Questions:1.蛋白质二级结构有哪些？2.真核生物的启动子有什么作用？3.TSS,外显子和内含子的概念。4.如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？5.基因表达调节有哪些？3请画出示意图:1.中心法则2.真核生物基因的一般结构4核酸中心法则复制DNA转录逆转录复制RNA蛋白质翻译调控5TATA盒翻译起始植物C/GAANNATGG动物A/GNNATGG各内含子加poly(A)信号植物G/AATAA1-3动物AATAAA终止密码子各个外显子AGGA或CAAT盒加帽位点5'm

2、7GpppNp5'端真核基因的一般结构TSS6编号名称第一章生物信息学引论第二章生物信息学的生物学基础第三章生物信息学数据库资源第四章DNA和蛋白质序列分析第五章系统发生分析第六章基因表达数据分析第七章其他常用生物信息学工具第八章电子克隆的原理和应用第九章基本生物信息学工具的开发与应用7第三章生物信息学数据库资源8提纲:模式生物测序3大核酸数据库蛋白质数据库9提纲:模式生物测序3大核酸数据库蛋白质数据库10humanArabidopsisThermotogamaritimaEscherichiacoliBuchnerasp.APSRickettsiaprowazek

3、iiUreaplasmaurealyticumBacillussubtilisDrosophilamelanogasterThermoplasmaacidophilumPlasmodiumfalciparumHelicobacterpylorimouseCaenorhabitiselegansratBorreliaburgorferiBorreliaburgorferiAquifexaeolicusNeisseriameningitidisZ2491Mycobacteriumtuberculosis一、模式生物11模式生物基因组计划模式生物基因组计划酵母、线虫、果蝇

4、、细菌、拟南芥等共约50多种已完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！12virusesplasmidsbacteriafungiplantsalgaeinsectsmollusksreptilesbirdsmammalsGenomesizesinnucleotidepairs(base-pairs)10410810510610710111010109bonyfishamphibians模式生物(ModelOrganism)病毒（Virus）不具有细胞形态结构，仅由核酸和蛋白质构成；如：人艾滋病毒HIV、SARS冠状病毒体积小，10～300nm；严格的专性

5、细胞内寄生；对抗生素不敏感。电子显微镜下的SARS冠状病毒100nm14Escherichiacoli大肠杆菌大肠杆菌是研究得最为详尽的一个模式生物。这种只有1.6微米长的、可以迅速繁殖的单细胞原核生物，已经成为实验室和基因工程的重要工具。EscherichiacoliO157:H7EscherichiacoliK12模式生物(ModelOrganism)15Saccharomycescerevisiae酿酒酵母真菌界的单细胞真核生物，它的全基因组已在1996年测定。模式生物(ModelOrganism)16秀丽线虫Caenorhabditiselegans一种透明

6、的、生活在海滩泥沙中的小虫。细胞数目一定：成虫细胞数目只有959个，其中包括302个神经元；有6条染色体，全基因组于1998年测定，长9.7Mb模式生物(ModelOrganism)17Drosophilamelanogaster果蝇繁殖很快、容易诱发变异的小昆虫。总长达1.8亿核苷酸。模式生物(ModelOrganism)18Arabidopsisthaliana拟南芥个体生活周期只有6周的十字花科小草，是一种理想的模式植物。模式生物(ModelOrganism)19Oryzasativa水稻单子叶植物模式植物，390-430MB模式生物(ModelOrgani

7、sm)20模式生物(ModelOrganism)非洲瓜蟾（Xenopuslavias）1个受精卵在24小时内分裂到各种器官初具雏形的程度；21模式生物(ModelOrganism)斑马鱼（Daniorerio）身体透明的小鱼，生活周期约3个月，是研究脊椎动物发育过程的良好对象。22模式生物(ModelOrganism)小鼠（Musmusculus）基因组大小与人类相近，约30亿个核苷酸对；232425提纲:模式生物测序3大核酸数据库蛋白质数据库26主要的数据库资源核酸序列数据库主要有GenBank,EMBL,DDBJ等.蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT