生物信息学资源检索

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1、第八章生物信息学资源检索胡德华2目录第一节生物信息学数据库概述1第二节核酸序列数据库2第三节蛋白质数据库3第四节基因组数据库4第五节疾病基因数据库53第一节生物信息学数据库概述一生物信息学数据库的类型二生物信息数据收集与存贮三生物信息学数据库的查找4一、生物信息学数据库的类型文献数据库突变数据库图谱数据库结构数据库序列数据库类型按收录信息内容分5二、生物信息数据收集与存贮（一）生物信息数据的收集生物信息数据收集与存贮（二）生物信息数据的存贮6（一）生物信息数据的收集数据库与数据库合作数据库与测序中心合作数据库与期刊合作建库的初期4．数据交换3．成批发送2．直接发送1．人工收集7（二）生物信

2、息数据的存贮1．记录格式主要有：EMBL格式、GenBank格式存贮格式2．序列格式又称Pearson格式三、生物信息学数据库的查找（一）通过搜索引擎查找（二）通过专门的生物信息学数据库目录查询从2000年开始，《NucleicAcidsResearch》设立了一个数据库目录（http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/）。（三）通过生物信息学中心资源导航查询一些著名的生物信息学中心不仅自己建立和维护大量的生物信息数据库，而且一般在网上提供资源导航。9第二节核酸序列数据库一GenBank二EMBL-Bank三DDBJ10（一）GenBank概述

3、一、GenBank（二）GenBank检索（一）GenBank概述是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)管理和维护大型、综合性的公共核酸序列数据库，包括所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献和生物学注释。网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html12国际核酸序列数据库协作体INSDCDDBJEMBLGenBank（一）GenBank概述GenBank的数据来源于约260000个物种，每月新增1700多个物种。大约12%的序列来自于人类，其中8%是人类的EST序列。每条GenBank数据记录包含对序列的简要描述、它的科学

4、命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表以及序列本身。序列特征表里包含对序列生物学特征注释，如编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。所有数据记录被划分成若干个子库，如细菌类（BCT）、病毒类（VRL）、灵长类（PRI）、啮齿类（ROD）以及EST数据、基因组序列数据（GSS）、高通量基因组序列数据（HTG）等19类，其中EST数据等又被分成若干子库。（二）GenBank检索Entrez是NCBI生物信息学数据库集成检索系统，可以检索以下生物信息学数据库。例如，查找H1N1流感病毒（H1N1FluVirus）的核酸序列。其检索步骤是：（1）进入Entrez主页（http://ww

5、w.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/），在提问框输入H1N1FluVirus。（2）点击“GO”，得到各个数据库的检索结果。（3）点击“Nucleotide:Coresubsetofnucleotidesequencerecords”，得到GenBank核酸序列数据库中的4801条记录简要格式（Summary）。(4）点击记录的标题，即可获取该记录的详细信息。20（一）EMBL-Bank概述二、EMBL-Bank（二）EMBL-Bank检索（一）EMBL-Bank概述EMBL-Bank(http://www.ebi.ac.uk/embl/)是国际三大核酸序列数据库之一，创建

6、于1982年。现由欧洲生物信息学研究所(EBI)管理和维护，主要收集欧洲产生的核酸序列数据。到2009年8月，EMBL-Bank（101版）的核酸序列达到163656234条，碱基数达到283748816763个。对于每条核酸序列，相关信息包括序列名称、序列、染色体定位、关键字、来源生物体、参考文献、注释、序列中具有重要生物学意义的位点等。（二）EMBL-Bank检索获取EMBL-Bank的核酸序列数据主要是通过SRS（SequenceRetrievalSystem）序列检索系统由LionBioscience公司继续开发，而成为一个商业软件，科研单位只要与它签订协议即可获得该软件的免费使用

7、权。SRS是一个开放式的，可以根据需要安装不同的数据库。SRS查询方法通过EBI的SRS服务器（http://srs.ebi.ac.uk）进入QuickSearch界面。点击“LibraryPage”，即数据库选择页。选择好要检索的数据库后，SRS提供三种查询方式。（1）QuickSearch(快速查询)（2）StandardQuery(标准查询)（3）ExtendedQuery(扩展查询)（1）QuickSearch(