生物信息学数据库检索

《生物信息学数据库检索》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、生物信息学数据库信息检索教研室薛晓芳2010年11月2日生物信息学概念生物信息学是对生物学数据进行收集、处理、存储、检索和分析的一门交叉学科研究生物信息的采集、处理、存储、传布、分析和解释等各个方面，通过综合数学、计算机科学和生物学的工具与技术来揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘研究目标是发展和利用先进计算技术解决生物学难题生物信息学数据库大量生物学数据的存储和利用离不开数据库用于结构化存储生物数据，以便进一步对数据进行分析和利用数据库的数据来源两大主要来源经典的生物医学研究：大量生物医学科研工作者根据自己的兴趣开展的个别研究大规模组学研究：代表性工

2、作是大规模人类基因组学和蛋白质组学研究经典生物医学研究针对某较小领域开展深入研究，采集的生物学数据对大量零碎的生物学数据，进一步收集、整理和利用，对推动生物医学的研究有重要意义最具代表性的是KEGG数据库，该数据库整理收录了大量代谢网络（PATHWAY）的研究成果，描绘了生物体内代谢网络涉及的各种分子及关系大规模组学研究上世纪90年代初启动人类基因组计划，短时间内产生海量生物学数据随着基因组计划进行，多种相关高通量研究逐渐开展起来基于表达序列标签（EST）和DNA微阵列的高通量转录组研究基于生物质谱的蛋白质组表达谱和修饰谱研究基于酵母双杂交等技术的高通量蛋白

3、质-蛋白质相互作用组研究代谢组等相关的组学研究组学数据库分类一级数据库：通过收集组学数据构建的数据库二级和三级数据库：对一级数据库数据进一步分析、归纳和整理，目的性和实用性TRANSFAC：转录因子和结合位点数据库SMART、pFam数据库：收录了可能的蛋白质结构域信息，并提供了特定算法工具生物信息学数据库的地位和作用经典生物医学实验大量零碎数据数据收集整理大规模组学实验海量组学数据数据存储、注释数据库生物医学应用理论分析检索查询生物学研究生物信息学数据库类型核酸研究（NucleicAcidsResearch）杂志每年第一期为生物信息学数据库专刊,收录最主要

4、的生物学相关数据库2010年的核酸研究杂志提供的数据库列表将国际上生物学数据库归纳为14类(http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/)《核酸研究》的14类数据库NucleotideSequenceDatabases核酸序列数据库RNAsequencedatabasesRNA序列数据库Proteinsequencedatabases蛋白质序列数据库StructureDatabases结构数据库GenomicsDatabases(non-vertebrate)基因组数据库(非脊椎动物)MetabolicandSi

5、gnalingPathways代谢和信号通路HumanandotherVertebrateGenomes人和其他脊椎基因组HumanGenesandDiseases人基因和疾病MicroarrayDataandotherGeneExpressionDatabasesProteomicsResources微阵列和其他基因表达数据库蛋白质组资源OtherMolecularBiologyDatabases其他分子生物学数据库Organelledatabases细胞器数据库Plantdatabases植物数据库Immunologicaldatabases免疫学数据库

6、常用分类类型序列数据库结构数据库功能数据库其它专业数据库主要内容生物信息学数据库类型序列数据库结构数据库功能数据库其它专业数据库生物信息学数据库的检索检索方法概述检索实践和案例一、序列数据库主要收录核酸和蛋白质序列数据包括由基因组计划产生的基因组及其表达序列，由基因组序列所推测的编码和非编码核酸和蛋白质序列，以及个别生物学实验中测序获得的核酸和蛋白质序列一、序列数据库(基因组)GenomeDatabase(GDB)数据库Ensembl,由EMBL-EBI和Sanger研究所联合开发,对后生动物基因组的自动注释和维护http://www.ensemblgeno

7、mes.org/包括人、鼠、斑马鱼和果蝇4种真核生物基因组的注释分析，主要依据已测序获得的基因组序列，定位所有已知基因，并预测未知新基因，同时为这些基因提供功能、疾病相关特征等方面的注释信息；Ensembl基因组注释的核心是基因预测，考虑到现有预测方法的限制，该系统整合了多种预测方法，并提供了各种预测方法结果的下载UCSCGenomeBrowser,加州大学圣克鲁兹分校建立,包括各种脊椎和无脊椎动物，以及主要模式生物的基因组数据http://genome.ucsc.edu/一、序列数据库(核酸)GenBank、EMBL、DDBJhttp://www.ncbi

8、.nlm.nih.gov/Genbank，http: