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1、生物信息数据库及生物软件的应用现代分子生物学大实验什么是生物信息学？生物信息学的概念Genomeinformaticsisascientificdisciplinethatencompassesallaspectsofgenomeinformationacquisition,processing,storage,distribution,analysis,andinterpretation.它是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面。(TheU.S.HumanGenomeProject:TheFirstFiveYearsFY1991-199
2、5,byNIHandDOE)生物信息学的发展历程生物信息学自诞生以来，经历了三个阶段：基因组前期的生物信息学：主要是序列分析、数据库的查询、计算机操作和PC的应用；基因组年代的生物信息学：主要是基因的寻找、数据与数据之间的比较、网络相互界面（Interface）；后基因组年代的生物信息学：主要是数据的挖掘、表达、数据多样性的分析、相互交叉数据分布的总结与分析。其研究的内容不仅包括基因的查寻和同源性分析；而且进一步到基因和基因组的功能分析，即所谓的功能基因组学研究。生物信息学包含的几个例子DatabaseinterfacesGenbank/EMBL/DDBJ,Medline,Sw
3、issProt,PDB,…SequencealignmentBLAST,FASTAMultiplesequencealignmentClustal,MultAlin,DiAlignGenefindingGenscan,GenomeScan,GeneMark,GRAILProteinDomainanalysisandidentificationpfam,BLOCKS,ProDom,PatternIdentification/CharacterizationGibbsSampler,AlignACE,MEMEProteinFoldingpredictionPredictProtei
4、n,SwissModeler实验目的掌握生物信息数据库的相关用途应用生物信息学的一些工具进行初步的生物信息分析运用PrimerPrimier5进行引物设计实验主要内容分子生物学数据库：掌握数据库的种类、功能，文献查找方法序列比对：掌握分序列比对的方法，使用至少一种序列比对软件。相似序列的数据库搜索：掌握NCBI中几种基本局部序列比对方法及几种单机软件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。生物信息学单机软件介绍：PrimerPrimier5欧洲分子生物学实验室EMBL(EuropeanMolecularBiologyLaboratory)美国生物
5、技术信息中心NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)日本遗传研究所DDBJ(DNADataBankofJapan)TheCanadianBioinformaticsResourcehttp://www.cbr.nrc.ca/SwissProt/ExPASy(SwissBioinformaticsResource)http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/PDB(TheProteinDatabank)http://www.rcsb.org/PDB国际权威数据库国际权威数据库蛋白质数据库SWISS-PROTT
6、rEMBL(translationofEMBL)PIR(Promoterinformationresource)PRF（Promoterresearchfoundation）PDBSTR（Re-organizedProteindataBank）Prosite结构数据库PDB(ProteinDataBank)NDB(NucleicAcidDatabase)DNA-bindProteindatabase swiss-3DIMAGE酶和代谢数据库KEGG（KyotoEneyclopedinofgenes&genemes）PKR(ProteinKinaseResource)文献数据库P
7、ubMedOMIMAgricola常用数据库http://www.expasy.ch/http://www.biosino.org/bioinformatics/010929-3.htmhttp://pasub.cs.ualberta.ca:8080/pa/Subcellular孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）。Entrez是N
