绵羊mhcclassⅱ基因的生物信息学分析生物信息学论

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1、毕业设计（论文）任务书生命科学学院院生物工程系（教研室）系（教研室）主任:（签名）2011年1月18日1设计（论文）题目及专题：绵羊MHCClassII基因的生物信息学分析2学生设计（论文）时间：自2011年1月18日开始至2011年6月10日止3设计（论文）所用资源和参考资料：3.1所用资源:万维网上的生物数据库;学校所购买的电子期刊;校图书馆;学院实验室网络；3.2参考资料:张阳德编著.生物信息学[M]北京: 科学出版社,2004.9.金伯泉.细胞和分子免疫学[M].科学出版社，2006,281-305

2、.许忠能.生物信息学[M].清华大学出版社，2008,1-4.杨晶，胡刚，王奎，沈世镒.生物计算——生物序列的分析方法与应用[M].科学出版社，2010，105-111.4设计（论文）应完成的主要内容：4.1获取绵羊MHCClassII基因核酸与蛋白序列及与其同源的其它物种的序列，进行多序列比对，做出分子进化树，并分析；4.2对绵羊MHCClassII分子的疏水区、跨膜区、功能结构域和生物活性位点分析；4.3预测绵羊MHCClassII分子的二级结构与三级结构。5提交设计（论文）形式（设计说明与图纸或论文等

3、）及要求：5.1严格按照<<湖南科技大学本科生毕业设计（论文）工作规范>>的写作完成毕业论文，完成不少于8000字信息量的论文；格式正确，包括目录、论文中英文题目及摘要、前言、正文、参考文献、致谢词和附录；5.2在实验及论文写作过程中，对数据和结果等要求实事求是，并且要在老师的指导下独立完成。6发题时间：2011年1月17日指导教师：（签名）学生：（签名）湖南科技大学毕业设计（论文）指导人评语[主要对学生毕业设计（论文）的工作态度，研究内容与方法，工作量，文献应用，创新性，实用性，科学性，文本（图纸）规范程

4、度，存在的不足等进行综合评价]指导人：（签名）年月日指导人评定成绩：摘要从NCBI中获取绵羊主要组织相容性复合体（MajorHistocompatibilityComplex，MHC）Ⅱ的核苷酸与氨基酸序列，应用生物信息学原理,对绵羊MHCⅡ分子疏水区、跨膜区、结构功能域和生物活性位点等几方面生物学特性进行了分析，预测出该基因的二级结构和三级结构，并将绵羊与其它动物的核苷酸和氨基酸序列进行多序列对比，做出分子进化树。结果表明，绵羊MHCⅡ分子有一个疏水区和跨膜区；该分子有主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信

5、号及N-糖基化位点、蛋白质激酶C磷酸化位点等多个生物活性位点。绵羊MHCclassⅡ的氨基酸序列和核苷酸序列与成都麻羊的同源性最高，分别达66%和73%，其次与亚洲水牛和肩蜂牛的同源性也较高，与大黄鱼的同源性最低，分别为25%和51%。关键词：主要组织相容性复合体Ⅱ类；生物信息学；序列分析ABSTRACTExtractOvisariesfromNCBIofnucleotidesandMajorHistocompatibilityComplexclassIIaminoacidsequence,applicat

6、ionbioinformaticsprinciple,onOvisariesMHCclassIImoleculessuccothwatershedandtransmembranearea,thestructureandfunctiondomainandbiologicalactivitysitesaspectsofbiologycharacteristicwasanalyzedtopredictthesecondarystructureandlevel3geneticstructure,andtheOvis

7、ariesandotheranimalswillbemorenucleotidesequenceofaminoacidsequenceandcontrast,makemoresequencephylogenetictree.Resultsshowthat,OvisariesMHCclassIImoleculeshaveadredgingwatershedandtransmembranearea,themoleculesaremajorhistocompatibilitycomplexproteinimmun

8、oglobulinsignalandN-glycosylationsites,proteinkinaseCphosphorylationsitessuchmultiplebioactivelocisites,OvisariesMHCclassIIthesequenceofaminoacidsandnucleotidesequencesandtheCaprahircusishighesthomologyof66%a