绵羊MHC ClassⅡ基因的生物信息学分析

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1、毕业设计（论文）题目绵羊MHCClassⅡ基因的生物信息学分析专业生物科学摘要从NCBI中获取绵羊主要组织相容性复合体（MajorHistocompatibilityComplex，MHC）Ⅱ的核苷酸与氨基酸序列，应用生物信息学原理,对绵羊MHCⅡ分子疏水区、跨膜区、结构功能域和生物活性位点等几方面生物学特性进行了分析，预测出该基因的二级结构和三级结构，并将绵羊与其它动物的核苷酸和氨基酸序列进行多序列对比，做出分子进化树。结果表明，绵羊MHCⅡ分子有一个疏水区和跨膜区；该分子有主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号及N-糖基化位点、蛋白质激酶C磷酸化位点

2、等多个生物活性位点。绵羊MHCclassⅡ的氨基酸序列和核苷酸序列与成都麻羊的同源性最高，分别达66%和73%，其次与亚洲水牛和肩蜂牛的同源性也较高，与大黄鱼的同源性最低，分别为25%和51%。关键词：主要组织相容性复合体Ⅱ类；生物信息学；序列分析ABSTRACTExtractOvisariesfromNCBIofnucleotidesandMajorHistocompatibilityComplexclassIIaminoacidsequence,applicationbioinformaticsprinciple,onOvisariesMHCclas

3、sIImoleculessuccothwatershedandtransmembranearea,thestructureandfunctiondomainandbiologicalactivitysitesaspectsofbiologycharacteristicwasanalyzedtopredictthesecondarystructureandlevel3geneticstructure,andtheOvisariesandotheranimalswillbemorenucleotidesequenceofaminoacidsequencean

4、dcontrast,makemoresequencephylogenetictree.Resultsshowthat,OvisariesMHCclassIImoleculeshaveadredgingwatershedandtransmembranearea,themoleculesaremajorhistocompatibilitycomplexproteinimmunoglobulinsignalandN-glycosylationsites,proteinkinaseCphosphorylationsitessuchmultiplebioactiv

5、elocisites,OvisariesMHCclassIIthesequenceofaminoacidsandnucleotidesequencesandtheCaprahircusishighesthomologyof66%and73%.SecondlyBubalusbubalisandBosindicushomologyofhigher,withthelowest,homologyofLarimichthyscroceafor25%and51%respectively.Keywords:MajorHistocompatibilityComplexc

6、lassIImolecules;Bioinformatics;Sequenceanalys毕业设计（论文）目录第一章前言11.1生物信息学简介11.2MHC的相关简介1第二章材料来源4第三章分析方法53.1蛋白质序列的获取53.1.1绵羊MHCClassⅡ基因的核酸和蛋白质序列的获得53.1.2同源序列获得53.2蛋白质的基本性质分析53.2.1疏水性分析53.2.2跨膜区分析53.2.3功能结构域分析53.2.4生物活性位点分析53.3蛋白质结构预测53.3.1蛋白质二级结构的预测53.3.2蛋白质三级结构预测53.4绵羊MHCClassⅡ系统进化树分

7、析5第四章结果与分析64.1绵羊MHCClassⅡ基因的核酸和蛋白质序列64.2绵羊MHCClassⅡ蛋白质的疏水性和跨膜区分析74.2.1绵羊MHCClassⅡ蛋白质的疏水性分析74.2.2绵羊MHCClassⅡ蛋白质的跨膜螺旋区分析84.3绵羊MHCClassⅡ蛋白质的功能结构域分析94.4绵羊MHCClassⅡ蛋白质生物活性位点分析114.5绵羊MHCClassⅡ蛋白质的二级结构预测124.6绵羊MHCClassⅡ蛋白质的三级结构预测144.7同源序列对比和系统发生分析15第五章结论21参考文献22致谢23-ⅰ--24-毕业设计（论文）第一章前言1

8、.1生物信息学简介生物信息学是一门研究生物和生物相关系统中信息内容和信息流向的综