鸡mhcⅰ类分子蛋白的生物信息学分析

《鸡mhcⅰ类分子蛋白的生物信息学分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、密级：公开中图分类号：Q513硕士学位论文鸡MHCⅠ类分子蛋白的生物信息学分析研究生：王威导师：金元昌学科：化学研究方向：化学生物学2018年06月AThesisSubmittedfortheDegreeofMasterBioinformaticsAnalysisofChickenMHCIProteinsCandidate：WangweiSupervisorandRank：AssociateProf.Jinyuanchang鸡MHCⅠ类分子蛋白的生物信息学分析学位类型学术型学位作者姓名王威作者学号15010601017学

2、科（专业学位类别)化学研究方向（专业领域)化学生物学导师姓名及职称金元昌副教授实践导师姓名及职称所在学院化学化工学院论文提交日期2018年6月学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名：日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的

3、规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权湖南科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。涉密论文按学校规定处理。作者签名：日期：年月日导师签名：日期：年月日摘要经典的MHCI类分子（MHCI）能够限制性结合抗原多肽，活化细胞毒性T细胞（CTL），诱导机体产生特异性细胞免疫应答，在抵抗微生物感染以及抗肿瘤免疫反应中起着非常重要的作用。迄今为止，关于鸡的MHCI结构和抗原多肽递呈机理的研究很少，

4、而鸡作为重要的养殖家禽，能带来较大的经济效益，因此，需要更多地去探究鸡与疾病的关系。所以，本研究基于前人对鸡MHC的蛋白结构研究，旨在通过生物信息学分析，采用DNAMAN、PyMol软件和相关生物学网站对B2单倍型鸡MHCI分子（BF2*0201）三维结构进行研究，再与B4和B21单倍型鸡的结构进行比较分析，来阐述BF2*0201结合抗原多肽的特性，为未来结晶结构、养禽业中病毒多肽抗原筛选、疫苗设计以及抗病育种提供理论依据。结果显示：1.在BF2*0201中，有三个关键的氨基酸，带正电的Arg9、带负电的Asp24和As

5、p73，因为这三个氨基酸的存在，使结合槽偏负电性，偏向于结合带有正电荷的氨基酸的多肽。但Arg9和Asp24与Asp73之间的盐键作用的不确定性，给找到结合多肽的规律带来了一定的影响，加上组成多肽结合槽的氨基酸含有很多既有亲水性又有疏水性的Tyr酪基酸，对结合槽也有不确定的影响，因此目前还无法确定B2蛋白结合多肽规律。2.将B2蛋白的4D0D分子和B4蛋白的4E0R分子进行比较分析，发现由于两者结合槽之间的氨基酸差异，导致了两者结合槽的大小和带电性的差异，造成结合多肽上的选择不同。4E0R的长侧链Arg111将4D0D的

6、较长侧链Tyr111替换，使4E0R的结合槽中部明显变得狭窄而结合氨基酸限制性变大；而且由于4E0R的Arg9、Arg80、Arg111和4D0D的Arg9、Asp24、Asp73特异氨基酸的作用，两者之间的多肽和结合槽的作用相差很大，4E0R的结合槽有很强的正电性，极其偏向结合带有负电荷的氨基酸的多肽，这说明在结合多肽的氨基酸种类方面4E0R比4D0D的选择性要低。再将B2蛋白的4CVX分子和B21蛋白的3BEW分子进行比较分析，同样发现两者结合槽之间的氨基酸差异，导致了两者结合槽的大小和带电性的差异，造成结合多肽上的

7、选择不同。不过3BEW的小侧链His111将4CVX的较长侧链Tyr111替换，还有极小氨基酸Ser69和Ser97的作用，使3BEW的结合槽中部明显变得宽大而结合氨基酸限制性变小。而且由于3BEW的Arg9、Asp24、His111和4CVX的Arg9、Asp24、Asp73特异氨基酸的作用，两者之间的多肽和结合槽的作用产生了差异，3BEW偏向结合带有负电荷的氨基酸的多肽，但其中部的宽大空间也能容纳其他氨基酸，相比于B2蛋白的结合槽特性，其可以说明在结合多肽的氨基酸种类方面3BEW比4CVX的选择性高。-I-综上所述，

8、本研究通过对B2蛋白的结构的分析说明了其与抗原多肽结合的特性，并和B4、B21蛋白比较，从结构角度上说明了B2单倍型鸡和马立克氏病之间的中等抗性关系，还推测了BF蛋白家族在膜表面洗脱结果差异产生的原因。关键词：鸡；MHCI类分子；生物信息学；抗原递呈；蛋白质结构分析-II-ABSTRACTClassicalMHCcl