建鲤mhc基因的克隆与序列分析

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1、南京农业大学硕士学位论文建鲤MHC基因的克隆与序列分析姓名：周凯申请学位级别：硕士专业：水生生物学指导教师：朱健201012摘要建鲤MHC基因的克隆与序列分析建鲤(Cyprinuscarpiovar．Jian)是淡水渔业研究中心采用家系选育，多系杂交和雌核发育技术相结合的综合育种技术育成的优良鱼类新品种。建鲤具有生长快、适应性和抗病力强等优点。近年来，对建鲤的研究主要集中在选育种和养殖等方面，对其遗传基础如免疫相关基因的研究则较少。主要组织相容性复合体(Majorhistocompatibilitycomplex)是广泛存在于脊椎动物体内，和免疫功能密切相关并编码免疫球蛋白样受体的高度

2、多态基因群，在免疫系统中发挥着十分重要的作用。该基因编码的蛋白通常称为MHC分子或MHC抗原，根据结构和功能分为I、II、Ⅲ三类。本研究以淡水中心培育的建鲤为实验材料，利用同源克隆、RACE等技术对MHC家族MHCIA、MHCIIA、MHCIIB3个基因进行克隆与序列分析。根据GenBank中鲤鱼的MHCIA基因序列，使用PrimerPremier5．0设计引物，扩增建鲤目的基因，并将目的片段克隆测序，得到1914bp的全长eDNA片段。分析发现建鲤MHCIA基因包括l18bp的5’末端非翻译区，1044bp的开放阅读框，752bp的3·末端非翻译区。编码的347个氨基酸由信号肽、多肽

3、结合区、免疫球蛋白样区、跨膜区、胞质区几部分组成。生物软件分析表明，MHCIA基因编码的氨基酸有3个糖基化位点、3个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶II磷酸化位点、4个豆蔻酰化位点，1个微体羧基末端目标信号、1个免疫球蛋白和主要组织相容性复合体蛋白信号位点。氨基酸序列比对结果表明，建鲤MHCIA与El本鲤鱼的MHCIA相似性最高，为66．0％；与虹鳟、大西洋鲑、青鲻、红鳍东方鲍的相似性分别为54．5％、57．9％、44．3％、42．0％，与小鼠、大鼠、人的相似性分别为29．1％、28．7％、29．7％。根据GenBank中鲤鱼的MHCIIA基因序列，使用PrimerPremier5

4、．0设计引物，扩增建鲤目的基因，并将目的片段克隆测序，得：虱]877bp的全长eDNA片段，分析发现建鲤MHCIIA基因包括65bp的5’末端非翻译区，705bp的开放阅读框，107bp的3’末端非翻译区。编码的235个氨基酸由信号肽、多肽结合区、免疫球蛋白样区、跨膜区、胞质区几部分组成。生物软件分析表明，MHCIIA基因编码的氨基酸有有1个糖基化位点、1个蛋白激酶C磷酸化位点、6个酪蛋白激酶1I磷酸化位点、5个豆蔻酰化位点、1个免疫球蛋白和主要组织相容性复合体蛋白信号位点。氨基酸序列比对结果表明，建鲤MHCIIA与欧洲鲤鱼MHCIIA的同源性最高，为89．7％；与尼罗罗非鱼的相似性最

5、低，为47．6％。V摘要根据GenBank中鲤鱼的MHCIIB基因序列，使用PrimerPremier5．0设计引物，扩增建鲤目的基因，并将目的片段克隆测序，得到1487bp的全长cDNA片段，分析发现建鲤MHCIIB基因包3／-926bp的5．末端非翻译区，759bp的开放阅读框，702bp的3’末端非翻译区。编码的252个氨基酸由信号肽、多肽结合区、免疫球蛋白样区、跨膜区、胞质区几部分组成。生物软件分析表明，MHCIIB基因编码的氨基酸有1F糖基化位点、1F环腺苷酸和鸟苷酸依赖性的蛋白激酶磷酸化位点、4个蛋白激酶C磷酸化位点、8个酪蛋白激酶II磷酸化位点、4个豆蔻酰化位点。氨基酸序

6、列比对结果表明，建鲤MHCIIB与欧洲鲤鱼MHCⅡB的同源性最高，为88．3％；与斑马鱼的同源性为71．6％；与溪红点鲑、圆斑新鲽、青鲻的同源性分别为53．2％、52．2％、52．0％。由于MHC和鱼类免疫密切相关，所以本文对建鲤MHC基因的克隆和序列分析，为进一步研究MHC分子的作用机理以及MHC基因多态性与鱼体抗病力的关系奠定基础。关键词：建鲤；主要组织相容性复合体；克隆；序列分析VIABSTRACTCLONlNGANDSEQUENCEANALYSISOFTHEMAJoRHISToCoMPATIBILITYCOMPLEX(MHC)GENEINTHEcYPRINUScARPloN叁(

7、艮JIANCyprinuscarpiovar．fianisanewbreeddevelopedbytheuseoftheintegratedbreedingtechnologycombiningtechniquesofgenealogicalselection，hybridizationofmulti·lineandgynogenesisdevelopmentinFreshwaterFisheriesResearchRenter．Cyprinu