生物信息学bioinformatics第讲生物信息学研究内容

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1、生物信息学Bioinformatics第2讲生物信息学研究内容主讲教师：刘吉平liujiping@scau.edu.cn2004年3月生物信息学主要介绍的内容：什么是生物信息学？国内外生物信息学的研究历史和现状。生物信息学的研究内容和科学目标。分别解读生物分子的三大核心数据库：GenBank核酸序列数据库、SWISS-PORT蛋白质序列数据库、PDF生物大分子结构数据库。介绍国内外有关生物信息学的网站和网址。生物信息学在yahoo.com.cn上找有关生物信息学的网站或网页BiologyProteinPhenotypeDNA(Genotype)基因结构The

2、4basescNNCCCCCCCCCNNNNNHooHHHHHHHHAdenineThyminecNNCCCCCCCCNNNNHoHHoNNHHHHHGuanineCytosineA-TG-CNote:thisisflat!UracilreplacesTinRNAPurineringPyrimidinering三研究内容生物信息学与计算生物学或生物计算有着密切的关系，但又不尽相同.目前归入生物信息学研究领域的大致有以下七个方面：Bioinfomatics七个方面研究内容建立和管理各种生物数据库生物信息数据库使用生物信息学中的数学模式和算法研究数据库接口和检索

3、工具的研制HGP的实施，对信息采集和处理提出的要求生物信息学最重要的任务，是从大量数据中提取新知识DNA芯片和微阵列的发展1建立和管理各种生物数据库各种生物数据库的建立和管理。如核酸序列数据库、蛋白质数据库、各种专业的数据库等。这是一切生物信息学工作的基础，通常要有计算机科学背景的专业人员与生物学家密切合作。2、生物信息数据库使用近些年来随着快速序列测定、基因重组、多维核磁共振等技术的应用，基因组与蛋白质的实验数据呈爆炸性趋势增长;建立数据库再结合有关的分析软件使大规模数据的贮存、处理和分析成为可能，并已发展成为包括基因组信息与蛋白质结构模拟在内的生物信息学

4、研究的重要基础。核酸序列数据库Genbank，美国国家生物技术信息中心的数据库（http://ncbi.nhm.nlm.gov）。EMBL，建立在欧洲分子生物实验室的数据库(http://www.embl-heidelberg.de)。DDBJ，是DNADataBankofJapan的简称，又叫日本的DNA数据库银行（availableathttp://www.nig.ac.jp)。Genbank美国国家生物技术信息中心的数据库原中山医科大学的网页有链接：http：//www.gzsums.edu.cn/该数据库提供Entrez检索工具、BLAST序列搜索、

5、生物信息学学习等服务内容其他重要数据库真菌如酿酒酵母基因组数据库（SGD）http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/拟南芥数据库（AtDB）(http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/)线虫综合数据库（ACEDB）ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)(自由下载,建立二次数据库)在线人类孟德尔遗传数据库(OnlineMendelianInheritanceinMan,OMIM)http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/其

6、他重要生物数据库鱼类的斑马鱼http://zfin.org/昆虫类的果蝇(Drosophilamelanogaster,fruitfly)http://www.fruitfly.org/脊椎动物如小鼠(Musmusculus)http://www.ncbi.nih.gov/genome/guide/mouse/细菌如大肠杆菌(http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/)原生动物如人类一种寄生性的原虫(Plasmodiumfalciparum):http://PlasmoDB.org/三维结构数据库PDB（Protei

7、nDataBank,http://www.ipc.pku.edu.cn/npdb）等。与蛋白质结构有关的数据库还有：SCOP（availableathttp://www.ipc.pku.edu.cn/scop/）等。80-99年ProteinDataBankhttp://www.rcsb.org/pdb/index.htmlHelix-turn-helixmotifofproteinbindingtoDNA结合DNA的蛋白质螺旋结构基序Motif数据库----PROSITEPROSITE(http://www.expasy.org/prosite/)蛋白质结

8、构数据生物信息数据库的主要服务借助特定的算法模型提供