生物信息学 chapter 3-1 生物信息学资源1new

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1、重要通知:下次课在机房上课,请自己准备好上网帐号:内容:数据库资源检索时间:下下周四(9月30日)生物信息学下午一二节课Bioinformatics地点:生科楼B201712复习:Questions:第二章生物信息学的生物学基础1.蛋白质二级结构有哪些？n细胞2.真核生物的启动子有什么作用？n蛋白质3.TSS,外显子和内含子的概念。n核酸4.如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？34请画出示意图:核酸中心法则复制1.中心法则DNA2.真核生物基因的一般结构转录调控逆转录RNA蛋白质翻译复制561翻译起始加poly(A)信号编号名称植物C/GAANNATGG植物G/AA

2、TAA1-3动物A/GNNATGG动物AATAAA第一章生物信息学引论AGGA或第二章生物信息学的生物学基础CAAT盒TATA盒各个外显子各内含子第三章生物信息学数据库资源5'端3'端第四章DNA和蛋白质序列分析第五章系统发生分析第六章基因表达数据分析第七章其他常用生物信息学工具加帽位点5'm7GpppNp起始密码子终止密码子第八章电子克隆的原理和应用第九章基本生物信息学工具的开发与应用TSS真核基因的一般结构78提纲:n模式生物测序第三章生物信息学数据库资源n3大核酸数据库n蛋白质数据库910一、模式生物提纲:UreaplasmaDrosophilaRickettsi

3、aHelicobacterBacillusurealyticummelanogasterprowazekiipylorisubtilisn模式生物测序n3大核酸数据库Buchnerasp.EscherichiahumanArabidopsisThermotogaAPScolimaritiman蛋白质数据库ThermoplasmaCaenorhabitismouseratBorreliaacidophilumelegansburgorferiNeisseria11PlasmodiumBorreliaAquifexmeningitidisMycobacteriu12falc

4、iparumburgorferiaeolicusZ2491mtuberculosis2Genomesizesinnucleotidepairs(base-pairs)模式生物基因组计划plasmidsviruses模式生物基因组计划bacteria酵母、线虫、果蝇、细菌、拟南芥等共约50多种fungi已完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！plantsalgaeinsectsmollusksbonyfishamphibiansreptilesbirdsmammals1310410510610710810910101011模式生物(ModelOrganism)

5、模式生物(ModelOrganism)病毒（Virus）Escherichiacoli大肠杆菌不具有细胞形态结构，仅由核酸和蛋白质构成；如：人艾滋病毒HIV、SARS冠状病毒体积小，10～300nm；严格的专性细胞内寄生；对抗生素不敏感。电子显微镜下的SARS冠状病毒EscherichiacoliK12EscherichiacoliO157:H7大肠杆菌是研究得最为详尽的一个模式生物。这种只有1.6微米长的、可以迅速繁殖的单细胞原核生物，已经成为实验室和基因工程的重要工具。100nm1516模式生物(ModelOrganism)模式生物(ModelOrganism)Sa

6、ccharomycescerevisiae酿酒酵母秀丽线虫Caenorhabditiselegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。真菌界的单细胞真核生物，它的全基因组已在1996年测定。细胞数目一定：成虫细胞数目只有959个，其中包括302个神经元；17有6条染色体，全基因组于1998年测定，长9.7Mb183模式生物(ModelOrganism)模式生物(ModelOrganism)DrosophilamelanogasterArabidopsisthaliana果蝇拟南芥繁殖很快、容易诱发变异的小昆虫。总长达1.8亿核苷酸。个体生活周期只有6周的十字花科小草，

7、是一种理想的模式植物。1920模式生物(ModelOrganism)模式生物(ModelOrganism)Oryzasativa非洲瓜蟾（Xenopuslavias）水稻1个受精卵在24小时内分裂到各种器官初具雏形的程度；单子叶植物模式植物，390-430MB2122模式生物(ModelOrganism)模式生物(ModelOrganism)斑马鱼（Daniorerio）小鼠（Musmusculus）身体透明的小鱼，生活周期约3个月，是研究脊椎动物发育基因组大小与人类相近，约30亿个核苷酸对；过程的良好对象。232442526主要的数据库