《生物信息学资源》PPT课件

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1、生物信息学Bioinformatics1Questions:下列数据库分别是什么类型的数据库?GenBank,PIR,DDBJ,SWISS-PROT,PDB,EMBL,TrEMBL,MMDB2编号名称第一章生物信息学引论第二章生物信息学的生物学基础第三章生物信息学数据库资源第四章DNA和蛋白质序列分析第五章系统发生分析第六章基因表达数据分析第七章其他常用生物信息学工具第八章电子克隆的原理和应用第九章基本生物信息学工具的开发与应用3第三章生物信息学数据库资源--数据库查询4GenBankhttp://www.ncbi.nlm.nih.g

2、ov/567PubMed的特点收录的文献多!!大部分与生命科学相关自动词语匹配链接点多，部分在网上免费获得全文也可以直接定购原文8二、检索规则9二、检索规则10111213复杂检索限制字段类别常用的有:Author:BaoYM[au]Title:stress[ti]Tilte/Abstract：stress[title/abstract]Date:1999:2009[dp]14复杂检索布尔逻辑运算：AND、OR、NOT必须大写。逻辑符的运算次序是从左至右，括号内的检索式可作为一个单元，优先运行。布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识

3、例如：rice[ti]ANDBaoYM[au]AND2008:2009[dp]1516Question1:如何查找由ZhuJ实验室于2005以后发表的,题目中显示关于水稻的文献.17Question2:如：我要查找BaoYM在Nature或Science上发表的论文1BaoYM[au]AND(Nature[Journal]ORScience[Journal])2BaoYM[au]ANDNatureORScience[Journal]3BaoYM[au]ANDNature[Journal]ORScience[Journal]4BaoYM

4、[au]AND(NatureORScience)[Journal]哪一个检索语言是正确的?18在PubMed页面上选择AdvancedSearch:19在PubMed页面上选择AdvancedSearch:20在PubMed页面上选择Limits:21在PubMed页面上选择Limits:22期刊检索23如何获取GenBank中的序列?24同样存在限制字段:常用的有:Author:BaoYM[au]title:SNARE[ti]organism:rice[organism]或者直接输入:Accession:AY077725[Acces

5、sion]GeneName:ZFP15[GeneName]ProteinName:ZFP15[ProteinName]如:BaoYM[au]ANDSNARE[ti]ANDrice[organism]如果没有限定，就是任意字段。如何获取GenBank中的序列?2526Question:从小鼠中查找Bao实验室发布的p53蛋白相关的DNA序列.2728直接录入注册号查询:293031查找蛋白质序列:32查找EST序列:33查找Structure:34查找Structure:35363738查找Unigene39UniGeneisanexp

6、erimentalsystemforautomaticallypartitioningGenBanksequencesintoanon-redundantsetofgene-orientedclusters.EachUniGeneclustercontainssequencesthatrepresentauniquegene,aswellasrelatedinformationsuchasthetissuetypesinwhichthegenehasbeenexpressedandmaplocation.UniGene是非冗余的某个基

7、因的集合,包含了该基因所有的经过实验证明的转录本及其表达信息.404142434445Questions:什么是UniGene?2.根据目前的内容,GenBank的作用?46