进化树(Phylogenetictree)

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1、用PHYLIP构建进化树冯伟，北医三院血管医学研究所snooppyyy@126.com进化树（Phylogenetictree）分析对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤1Toalignsequences，要对所分析的多序列目标进行排列；常用的软件有：CLUSTALX和CLUSTALW。2Toreconstrutphyligenetictree，构建一个进化树；3对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。当前的任务是：第一种方法：最大简约法1首先用ClustalW比对序列。2使用SEQBOOT产生重复随机序列。3使用DNA

2、PARS构造进化树。使用CONSENSUS分析一致性。4首先用CLUSTALX对齐序列，输出1.phy，文本编辑器打开后如下图：共8个序列，每个序列50个碱基。然后，打开软件SEQBOOT，如下图输入刚才生成的1.PHY文件输入一个4N+1的数字后，比如5。Bootstraping法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化

3、树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。R选项让使用者输入republicate的数目。所谓republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。打开输出文件，如图，得到了100组序列集。文件为2,out打开DNAPARS输入Seqboot的输出文件，2,out新建dnapars的输出文件3,out修改参数M确定运行后就会出现下面这个采用变通的办法，下载新版Dnaparsver3.61同样修改参数M成功运行！最后Dnaparsver3.61输出二个文件，

4、分别命名为dnapars,outfile和dnapars,outtree最后运行consense，导入dnapars,outtree打开consense,outfile第二种方法，邻位相连法首先执行SEQBOOT软件将这8个序列变成100个republicate；DNADIST软件，把SEQBOOT生成的文件输入；执行NEIGHBOR，输入DNADIST的输出文件；CONSENSE，查看最后结果。运行DNADIST，导入Seqboot的输出文件并且命名DNADIST的生成文件为dnadist,outfile修改参数T，键入15-30之间

5、的数字；修改参数M，改为100运行后生成文件如下图这个文件包含了与输入文件相同的100个republicate，只不过每个republicate是以两两序列的进化距离来表示。文件中的每个republicate都省略了第一排的Mo3Mo5Mo6Mo7Mo8Mo9Mo12Mo13。以这个输出文件为输入文件，执行NEIGHBOR软件修改M的参数为100修改后结果如图，选Y后运行，最后得到两个文件neighbor,outfile和neighbor,outtree最后用CONSENSE读入neighbor,outtree，运行后生成两个文件，ou

6、tfile和outtree，打开outfile文件，即可查看结果。如图：对比两种方法得到的进化树结果谢谢。