用MEGA构建进化树

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1、如何用MEGA构建进化树MEGA3.1是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，其中包括有距离建树法和MP建树法；可自动或手动进行序列比对，推断进化树，估算分子进化率，进行进化假设测验，还能联机的Web数据库检索。下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：i)DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii)序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v)绘制和修改进化树的软件，进行

2、网上blast搜索。用MEGA构建进化树有以下步骤：1.16SrDNA测序和参考序列选取从环境中分离到单克隆，去重复后扩增16SrDNA序列并测序，然后与数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi比对，找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后找一到两个同科的，再找一到两个同目的，再找一到两个同纲的细菌，把序列全部下下来，以FSATA形式整合在TXT文档中，如>TS

3、1GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCTCGGGATGCATGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi

4、117572706

5、gb

6、EF028124.1

7、Rhodococcussp.Atl2516SribosomalRNAgene,partialsequenceCGAT

8、TAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGAT>TS2TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGA

9、CTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT>gi

10、56383044

11、emb

12、AJ809498.1

13、Bacilluscereuspartial16SrRNAgene,strainTMW2.383GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTG

14、GGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC………………………….………………………….参考序列选择有几个原则：a，不选非培养(unclutured)微生物为参比；b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择16SrDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。2.序列比对将整理好的序列导入clustalx1

15、.83，如图接着程序自动运行，得出结果，自动输出.aln和.dnd为后缀的两个文件。序列比对也可以直接用MEGA来做。3.打开程序MEGA，如下图所示：4.MEGA3.1只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，用.aln格式（Clustal的输出文件）转换.meg文件。点File:ConverttoMEGAFormat，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal对比分析后所产生的.aln文件，点击打开。5.转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。查看meg序列文件

16、最后是否正常，若存在clustal.*行，即可删除。点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录。6.关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Clickmetoactivateadatafile”打开刚才的meg文件。如果为蛋白质序列，选择“proteinsequence”，电击“OK”，得到以下图示，数据输入之后的样子，窗口下面有序列文