用mega作进化树[2]

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时间:2018-07-31

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1、用MEGA2做进化树的步骤(图示)1、打开程序如下图所示:2、MEGA2只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,我们在这里用aln格式(Clustal的输出文件)转换meg文件。点File:ConverttoMEGAFormat...打开转换文件对话框如下图所示:3、选择文件和转换文件对话框,选择aln文件,点OK如下图所示:4、转换好的meg文件,点存盘保存meg文件,meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示:5、关闭转换窗口,回到主窗口,现在点面板上的“Clickmetoactivateadatafile”

2、打开刚才的meg文件如下图所示:6、选择meg文件,点“打开”如下图所示:7、程序会自动识别序列的类型,如果识别错误,请手工选择数据类型。然后点OK就行了如下图所示:8、数据输入之后的样子,窗口下面有序列文件名和类型如下图所示:9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了,MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析,Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法,可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致,我们在此以UPGMA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。如下图所示:10、...会弹

3、出如下的对话框,在此你可以选择计算参数。如下图所示:11、DistanceOptions标签页中的Models可以下拉,其中有若干个计算距离的方法可以选择,在此默认泊松校验(PoissonCorrection)作为计算距离的方法。如下图所示:12、Includesites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法,在此也用默认方法如下图所示:13、系统进化树的测试方法,可以选择用Bootstrap,也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好,随机数种子可以自己随意设定,不会影响计算结果。设定完成,点OK,开

4、始计算。如下图所示:14、...经过一番计算之后(这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比),程序就会产生这么一个树,该窗口中有两个属性页,一个是原始树,一个是bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。如下图所示:15、可以在Image菜单中把图片保存为emf格式,或者直接copy到剪贴板。如下图所示:16、保存emf文件,这种格式的图像可以直接paste到Word文档如下图所示:17、可以切换树的显示模式如下图所示:18、调整树显示选项,比如树枝的粗细,字体以及字体大小等如下图所示:

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