进化树分析步骤

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1、进化树分析步驟一、用CLUSTALX(1.83)排列序列(alignment)方法：1、打开记事木，以FASTA格式粘贴序列到记事本，所有要比对的序列都这么粘贴,格式如卜:>aa(序列名称)aaagggtttttcccc(序列)>bbaaagggtttttcccc>ccaaagggtttttcccc2、用ClustalX打开记事本文件。导入第一个文件用loadsequence,后面的文件用appendsequenceo都在file下拉菜单里。3、用ClustalX排序后，输出格式为*・PHY,保存。用记事本打开如下图:-

2、n

3、x

4、文件0)编辑H搜索s)j帮助@)850

5、JMo3ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGCACGGTACCATMoSATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo6ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo7ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCATMo8ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCATMo9ATGTATCTCGTACATTAC

6、TGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo12ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo13ATGTATCTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATd图中的8和50分别表示8个序列和每个序列有50个碱基。二、phylip软件进行进化树分析1、打开软件SEQBOOT路径输入刚才生成的*・PHY文件，并在Randomnumberseed(mustbeodd)?的下而输入一个4N+1的数字后，屏幕显示如下:图中的D、J、R、I、0、1、2代表可

7、选择的选项，键入这些字母，程序的条件就会发生改变。D选项无须改变。J选项有三种条件可以选择，分别是Bootstrap>Jackknife和Permuteo文章上面提到用Bootstraping法对进化树进行评估，所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基(氨基酸)屮任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法(最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法)每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则(majority-rule)

8、我们就会得到一个最"逼真”的进化树。Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩卜-的一半序列补齐，只生成一个缩短了一半的新序列。Permute是另外一种取样方法，其忖的与Bootstrap和Jackknife法不同。R选项让使用者输入republicate的数目。所谓republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。根据多序列中所含的序列的数目的不同可以选取不同的republicateo当我们设置好条件后，键入Y按回车。得到一个文件outfileo（提示：在此最好把outvie更名为outfilel,因为

9、后面步骤生成的文件都为outfile,可以一次更名为outfilel、outfile2....outfileN）Outfile用记事木打开如下：outfile一记事本文件⑴编辑d）搜素@）帮助op850Mo3Mo5Mo6Mo7Mo8Mo9Mo12Mo13850AATGTATTTGAATGTATTTGAATGTATTTGTATTAACCCCTATTAACCCCTfiTTAACCCCCAAACCCCAACAAACCCCAACAAACCCCAATAATTTGGGCTAATTTGGGTTAATTTGGGTCAACTCTTTTTAACTCTTTTTAACTCTTTT356789

10、oooooOMo12Mo13850Mo3Mo5Mo6Mo7Mo8AATGTATTTGAATGTATTTGAATGTATTTGAATGTATTTGAATGTATTTGTTGTTTAAAATTGTTTAAAATTGTTTAAAATTGTTTAAAATTGTTTAAAATTGCTTAAAATTGTTTAAAATTGCTTAAAAATGGGTTTTTATGGGTTTTTATGGGTTTTTATGGGTTTTTATGGGTTTTTTATTAACCCCTATTAACCCCTATTAACCCCTATTAACCCCTATTAACCCCCATTAAACTTCATTAA