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1、第31卷第2期水产学报Vo.l31,No.22007年3月JOURNALOFFISHERIESOFCHINAMar.,2007文章编号:1000-0615(2007)02-0204-07应用DGGE分析三疣梭子蟹养殖塘底泥细菌的多样性钱丽君,张德民,徐小红(宁波大学生命科学与生物工程学院,浙江宁波315211)摘要:将传统的菌落菌体形态分类方法与分子生物学方法相结合研究了三疣梭子蟹养殖塘底泥中一个细菌类群的多样性。首先采用平板稀释法对三疣梭子蟹养殖塘底泥中的细菌进行分离与纯化,根据各菌株的菌落形态特征初步将118株分
2、离物分为8个类群,其中最大的一个类群的菌落基本特征为圆形、边缘整齐、表面凸起、菌落有光泽,对该类群的细菌多样性分析表明,通过芽孢染色可将产芽孢菌和不产芽孢菌区分开,不产芽孢菌根据其菌体形态又分为3个亚群,其中卵圆形细菌是最大的一个亚群,共有16株。应用PCR-DGGE方法对该类群进行菌株的遗传多样性分析。结果表明,卵圆形类群16株细菌中就有11株不同系统发育型的细菌。最后,将这11株细菌进行了16SrDNA部分序列(约750bp)的测定,并做系统发育学分析,结果显示,这些细菌的系统发育学地位相距很远,分属于γ-Pro
3、teobacteria、α-Proteobacteria和Firmicutes等类群。试验结果表明,以菌落特征的差异来挑选不同的菌株作为分析细菌多样性的第一个筛选步骤,会大大低估可培养异养细菌的多样性。关键词:三疣梭子蟹;异养细菌;16SrDNA;变性梯度胶电泳;变形菌门+中图分类号:S931.3;S968.252文献标识码:ABacteriadiversityinPortunustrituperculatuspondsedmientestmiatedbydenaturinggradientgelelectropho
4、resisQIANLi-jun,ZHANGDe-min,XUXiao-hong(FacultyofLifeScienceandBiotechnology,NingboUniversity,Ningbo315211,China)Abstract:BacteriadiversitywasinvestigatedinculturepondsedimentofPortunustrituperculatusbymeansofthecharacteristicsofmorphologyofcolony,celland16SrDN
5、A.Atotalof118strainsofbacteriawereisolatedandpurifiedfromculturepondsedimentofPortunustrituperculatusbyseriallyplatedilution,andprimarilyclusteredinto8groupsbasedoncolonycharacteristics.Furtherresearchwasfocusedonthebiggestgroupofthem,whosecoloniescharacterized
6、bycircularshape,flatmargin,convexsurface,andglistening.Amongthisgroup,31strainswerenon-spore-formingbacteria,anddividedinto3sub-groups,.ie.sphere-rod,middlerodandlongrodgroup.Sphere-rodsub-groupwasthebiggestone,including16isolates.Thegeneticdiversityofsphere-ro
7、dsub-groupwasanalyzedusingPCR-DGGE(denaturinggradientgelelectrophoresis)molecularfingerprintingtechniques.Elevendifferentphylogenetictypeswerefoundwithin16isolates.16SrRNAgenepartialsequences(about750bpfrom5'end)of11representativeisolateswere收稿日期:2006-08-28资助项目
8、:浙江省自然科学基金人才培养项目(R305333);浙江省教育厅专项任务(20051296);宁波市科技项目(2004A610026)(2005C100097)作者简介:钱丽君(1982-),女,杭州富阳人,在读研究生,从事环境微生物学研究。E-mail:lijunqian1982@yahoo.com.cn通讯作者:张德民,Tel:0574-8
