条纹斑竹鲨再生肝脏中差异rna的研究

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1、ZSTUZhejiangSci-TechUniversity硕士学位论文Master’sThesis中文论文题目:条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究英文论文题目:ComparativeanalysisofthedifferentiallyexpressedmicroRNAsandtranscriptomesinresponsetoliverregenerationinChiloscylliumplagiosum学科专业：生物学作者姓名：陆聪儿指导教师：吕正兵教授递交日期：2015.01.09浙江理工大学硕士学位论文条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研宄浙江理工大学学位论文独创

2、性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研宄工作及取得的研宄成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研宄成果，也不包含为获得浙江理工大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宄所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名：签字日期：片也年《月)j日浙江理T.大卞垛丨：卞位论文条纹《竹《洱生UfK屮挖异RNA的研宂学位论文版权使用授权书本学位论文作柝完全r解逝江理王太^有权保贸并向is家有关部门成机构送交本论文的货印件和磁盘，允许论文被奋阅和借阅*本人授权逝江理工以将学位论文

3、的全部或部分内容编入有关数据库进行检索和传播.对以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文•(保密的学位论文在解密后适用本授权书）签字日期：年oJ月~日浙江理工大学硕士学位论文条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究本研究由“重大新药创制”科技重大专项（No.2012ZX09102301），国家高技术研究发展“863”项目（NO.2011AA100603）共同资助浙江理工大学硕士学位论文条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究摘要条纹斑竹鲨，是一种比较有代表性的软骨鱼类，其肝脏比重占到内脏比重的3/4的。据研究报道，鲨鱼肝脏体内含有许多生物活性物质，包括了多种肝再生相关的刺激

4、因子，但没有肝脏microRNA的相关报道。由于microRNA和基因组信息的缺乏，也影响了对鲨鱼肝再生调节的分子机制的深入研究。本研究构建了条纹斑竹鲨1/3肝切除模型，提取正常和再生3h肝组织的RNA，应用Illumina测序平台对条纹斑竹鲨正常和再生肝脏进行microRNA测序以及转录组测序，通过microRNA测序，鉴定出670条microRNAs（290条knownmicroRNAs和380条PCmicroRNAs），这些microRNA隶属于145个基因簇；通过转录组测序获得339998条Unigenes，其中有60047条Unigenes，能注释到基因信息。对测序

5、结果进行初步分析，主要筛选肝再生过程中差异表达的基因和microRNAs，进一步阐释肝再生的调控网络。主要筛选依据是正常和再生3h肝组织中microRNA和Unigene的FoldChange的比值，共筛选到119条差异表达的microRNAs以及4754个差异表达的Unigenes。一方面以注释上基因信息的Unigenes作为靶基因库，利用miRanda和Targetscan对119条差异microRNAs进行靶基因预测，将这些候选靶基因进行GO功能以及KEGG富集分析，以P<0.01为阈值，筛选显著富集的GO注释以及信号通路，其中GO注释可映射到28个classes，其中

6、包含了“celldivision”、“cellcycle”以及“G2/Mtransitionofmitoticcellcycle”；筛选出来8条显著富集的信号通路，其中包含了“CellCycle”和“JAK-STATsignalingpathway”。另一方面通过Real-TimePCR分析microRNA以Unigene在正常和再生3h肝组织中差异表达情况，验证了5条microRNAs以及3条Unigenes在正常和再生3h肝组织中具有2倍以上的差异。其中包括4条上调microRNAs和1条下调microRNA以及3条下调Unigenes（ICA、GSTP1和PDRX5）。

7、然后通过靶基因预测软件分析验证具有差异表达的microRNAs和Unigenes的靶向性，发现其中3条microRNAs(PC-5p-13888_168、xtr-miR-34b_L-1R+1和tni-miR-144)和3条Unigenes（ICA、GSTP1和PDRX5）具有靶向作用，进一步通过双荧光素酶报告法验证，将ICA、GSTP1和PDRX5I浙江理工大学硕士学位论文条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究的3’UTR全长序列以突变及种子序列结合位点的3’UTR插入到psiCHECK2载体中，通过与对