猪耳面积性状全基因组关联分析及主效基因探索

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1、密级：论文编号:中囯农北科学院学位论文猪耳面积性状全基因组关联分析及主效基因探索Genome-wideAssociationStudiesforPorcineEarSizeandExplorationofMajorGenes博士研究生.•梁晶指导教师：王立贤研究员申请学位类别：农学博士专业；动物遗传育种与繁殖研究方向:猪分子数量遗传学培养单位：北京畜牧兽医研究所研宄生院2015年6月独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研宄工作及取得的研宄成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，

2、论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研宄成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研宄生签名：衆蠢时间：加丨？年9月27日关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分

3、内容。研宄生签名:时间：z叩年s月r[日中国农业科学院博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表论文题目猪耳面积性状全基因组关联分析及主效基因探索动物遗传育论文作者梁晶专业研宄方向猪分子数量遗传学种与繁殖指导教师王立贤培养单位（研究所、中心）北京畜牧兽医研究所姓名职称单位专业签名评阅人答辩中国农业大学动物张勤教授动物遗传育种主科技学院；席中国农业大学动物张胜利教授动物遗传育种>科技学院中国农业大学动物王楚端教授动物遗传育种科技学院答中国农业大学动物孙东晓教授动物遗传育种科技学院J辩中国农业科学院北杜立新教授动物遗传

4、育种知/^京畜牧兽医研宄所)委中国农业科学院北李俊雅研宄员动物遗传育种京畜牧兽医研究所员-中国农业科学院北赵桂苹研究员动物遗传育种細1京畜牧兽医研宄所会议记录（秘书）论文答辩时间地点2015年5月27日上午，北京畜牧兽医研究所科研楼会议室Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationGenome-wideAssociationStudiesforPorcineEarSizeandExplorationofMajorGenesPh.D.Ca

5、ndidate：JingLiangSupervisor：Prof.LixianWangMajor：AnimalGenetics,BreedingandReproductionSpecialty:PigMolecularandQuantitativeGeneticsJune2015摘要在猪种中，耳的大小和形态极具多样性，在猪的品种标准中十分重要。在猪种鉴别上，尤其对于中国地方猪种来说，耳性状被视为一个重要的构造特征。此外，猪可以作为动物模型为研究人类先天性小耳畸形提供帮助。在之前的报道中，把影响猪耳面积性状的数

6、量性状基因座（QTL）主要定位在5号染色体(SSC5)和7号染色体(SSC7)上。最近，位于7号染色体QTL区间内PPARD基因上的一个错义突变G32E被认为是猪耳面积性状的因果突变位点。然而，由于QTL的区间范围大，5号染色体上的主效基因尚未被鉴定出来。本研究通过全基因组关联分析（GWAS）方法筛选影响猪耳面积性状的主要候选基因，并且对关键候选基因进行初步分析，以鉴定主效基因和因果突变位点。本研究利用大耳的中国地方猪种民猪和西方商品猪种大白猪构建了一个杂交群体来探索猪耳面积多样性的遗传基础。通过GWAS检测

7、与猪耳面积性状显著关联的SNPs，在SSC5上一个10.78Mb（30.14-40.92Mb）的区间内发现了35个显著SNPs；此后，结合连锁不平衡分析和共享单体型分析，获得了一个3.07Mb大小的缩小区间；最后，通过使用选择性清除分析最终确定了一个约450Kb的判别区域，包含了两个已注释的基因LEMD3和WIF1。功能分析表明，这两个基因都具有猪耳面积性状的生物学候选基因特征，在育种规划中具有潜在应用性；这两个基因也可以在进一步研究人类小耳畸形的机制中作为新的参考。为了确定SSC5上影响猪耳面积性状的主效基

8、因和因果突变位点，本研究对主要候选基因WIF1、LEMD3和HMGA2进行了初步的研究。由于数据库中缺乏完整的mRNA序列，本研究首先通过RACE方法克隆了猪WIF1、LEMD3和HMGA2的cDNA全长序列，长度分别为2338bp、4843bp和2998bp。在此基础上，针对这三个基因，通过外显子区和启动子区的序列扩增与比对在不同猪种中共筛选到23个多态性位点（WIF1基因11个，LEMD3基因3