志贺菌中crisprcas系统的检测及其与毒力基因的关系

《志贺菌中crisprcas系统的检测及其与毒力基因的关系》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、学校代码10459学号或申请号201212272749密级硕士学位论文志贺菌中CRISPR/Cas系统的检测及其与毒力基因的关系作者姓名：郭向娇导师姓名：段广才教授学科门类：医学专业名称：流行病与卫生统计学培养院系：公共卫生学院完成时间：2015年4月AthesissubmittedtoZhengzhouUniversityForthedegreeofMasterDetectionofCRISPR/CassystemofShigellaandAnalysisitsrelationshipwithvirulencegenesByXiangjiaoGuoSup

2、ervisor:Prof.GuangcaiDuanBiostatisticsandEpidemiologyCollegeofPublicHealthApril2015本人郑重声明：所呈交的学位宄所取得学位论文原创性声明体，均已或集体已处，本人承担一切相关责任，特此郑重声明。学位论文作者：知询,曰期：年6月?曰根据郑州本人在导师指导下完成的论学位论文使用授权声明大学门或机构送数据库缩印或者位论文或州大学。保密论文在解密后应遵守此规定。学位论文作者曰c年/t月a/曰fo),摘要摘要志贺菌可导致菌痢，其致病性主要在于毒力因子的编码产物对粘膜上皮的毒性和侵袭作用，

3、部分毒力基因存在于噬菌体和质粒等可移动的遗传元件上，可通过HGT方式在细菌中传播导致更多高毒菌株的出现。CRISPR/Cas系统是近年来发现的细菌处理质粒以及噬菌体等外源物质的原核生物的免疫系统。因为此系统对于细菌遗传物质的整合和获得具有重要作用，导致CRISPR/Cas系统受到越来越多的关注。目前关于志贺菌CRISPR/Cas系统的研究较少，且关于志贺菌中该系统与毒力基因的关系的研究尚未见报道。目的探索志贺菌中CRISPR/Cas系统的分布及特征，初步探讨该系统与毒力基因的关系。方法1.根据GenBank中宋内志贺菌53G和Ss046以及福氏志贺菌245

4、7T的CRISPR及cas基因的序列信息，利用Primerdesigningtool在线软件设计引物。2.对实验室保存的59株志贺菌中CRISPR及cas2-cas1、cas6e-cas5、cas7、cse2、cse1-cas3基因进行PCR扩增和测序，并通过生物信息学软件对序列进行分析。3.PCR扩增志贺菌毒力基因ipaH、ial、ipaBCD、icsA、icsP以及virA基因，并分析CRISPR与毒力基因的关系。结果1.针对志贺菌中CRISPR/Cas系统所设计引物均特异性扩增出相应条带，并可扩增出cas基因中的插入序列。2.在59株志贺菌中共发现3

5、个CRISPR：CRISPR1/Cas系统的检出率为79.7%（47/59），其中约2/3的菌株该系统中发现插入序列；CRISPR2的检出率为84.7%；CRISPR3的检出率为83.1%（49/59）。3.CRISPR中重复序列保守性较低，出现退化现象；共发现33条特异间隔序列，间隔序列在不同菌株之间分布较一致，不能作为志贺菌分型标志；CRISPR3中的间隔序列可以匹配I-Fcas基因且该位点附近未发现I-Fcas基因。I摘要4.cas基因序列与CRISPR1中间隔序列数目有关；cas2、cas1、cas5和cas3基因的序列一致性在94%以上；cas6

6、e、cas7、cse2及cse1基因序列一致性在81%-99%之间，并在cse2基因中发现IS600，cas6e基因中发现ISSfl2，cse1基因中发现IS629。5.志贺菌ipaH、ial、ipaBCD、icsA、icsP和virA基因的检出率依次为100%、100%、86.4%、100%、98.3%和98.3%；其毒力基因的优势组合类型为ipaH+ial+ipaBCD+icsA+icsP+virA，所占百分比为84.7%。6.CRISPR1和CRISPR2与毒力基因ipaBCD的分布之间无关（P>0.05）；CRISPR1和CRISPR2中间隔序列数

7、目与毒力基因ipaBCD之间差异无统计学意义（P>0.05）；CRISPR1/Cas系统中是否含有插入序列与毒力基因ipaBCD的分布之间差异没有统计学意义（P>0.05）。结论1.CRISPR在志贺菌中广泛分布，CRISPR3可能为功能性的抗CRISPRI-F型系统（anti-CRISPRI-Fsystem）。2.cas基因序列的不同会影响间隔序列的数目；部分志贺菌cas基因中发现插入序列。3.志贺菌CRISPR中重复序列出现退化；间隔序列在不同菌株间变化较小，使得CRISPR不能成为分型标志物。4.志贺菌毒力基因携带率较高，未发现CRISPR与毒力基因

8、分布有关。关键词：志贺菌CRISPRcas基因毒力基因IIAbst