尼罗罗非鱼（oreochromis niloticus）ghsr和ghrelin基因多态性分析及其生长相关snp标记的筛选

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1、学校代码：10264研究生学号：M120150367上海海洋大学硕士学位论文尼罗罗非鱼（Oreochromisniloticus）题目：GHSR和ghrelin基因多态性分析及其生长相关SNP标记的筛选PolymorphismanalysisofGHSRandghrelingeneinOreochromisniloticus英文题目：andscreeningoftheirgrowthrelatedSNPs专业：渔业研究方向：遗传育种与健康养殖姓名：王春晓指导教师：卢迈新研究员二O一五年四月日I上海海

2、洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文

3、被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日II上海海洋大学硕士学位论文尼罗罗非鱼（Oreochromisniloticus）GHSR和ghrelin基因多态性分析及其生长相关SNP标记的筛选摘要尼罗罗非鱼吉富品系（Oreochromisniloticus,GIFTstrain）目前是我国养

4、殖区域产量最高、分布最广的罗非鱼品种，其生长速度显著高于其他罗非鱼养殖品种。研究表明，吉富尼罗罗非鱼不同家系间或同一家系不同个体间的生长速度存在较大差异，且形态上也存在一定差异，说明群体内具有丰富的遗传多样性，在遗传上仍具有较大的选育空间。为了避免近亲交配引起种质衰退，保证吉富罗非鱼快长优良性状的稳定遗传，也为了培育出生长速度更快的吉富罗非鱼品系，本研究把吉富尼罗罗非鱼中两个与机体生长调节密切相关的基因—生长激素促分泌素受体（GrowthHormoneSecretagogueReceptor，GHS

5、R）基因和和生长激素促分泌素（ghrelin）基因作为候选基因，通过基因克隆和序列多态性分析，初步获得其SNPs位点，再对SNPs基因型与吉富尼罗罗非鱼生长性状的关联性进行分析，拟从中找到吉富尼罗罗非鱼生长相关SNPs分子标记，将其应用于吉富尼罗罗非鱼的分子辅助育种过程中。本研究的结果如下：1.尼罗罗非鱼GHSR基因和ghrelin基因的克隆及其多态性分析克隆获得了尼罗罗非鱼GHSRⅠa和GHSRⅠb的cDNA序列，其中GHSRⅠacDNA序列全长为4060bp，包括5′非编码区为1003bp、3′

6、非编码区为1905bp、编码区为1152bp，该基因编码384个氨基酸；GHSRⅠbcDNA序列全长为4268bp，包括5′非编码区1003bp、3′非编码区2371bp和编码区894bp，共编码298个氨基酸。GHSRⅠa和GHSRⅠb氨基酸序列相似性为73.7%，它们位于N端的279个氨基酸完全相同。系统进化分析结果显示：尼罗罗非鱼GHSRⅠa和GHSRⅠb的氨基酸序列都与莫桑比克罗非鱼（O.mossambicus）和荷那龙罗非鱼（O.hornorum）中相应氨基酸序列的亲缘关系最近，与同属于丽

7、鱼科的黑鲷（Sparusmacrocephalus）聚为一大支，而与虹鳟（Oncorhynchusmykiss）、建鲤（Cyprinuscarpiovar.Jian）及人类（Homosapiens）中相应的氨基酸序列的亲缘关系较远。克隆获得了尼罗罗非鱼GHSR基因组DNA片段3206bp，包括5′非编码区1589bp，3′非编码区231bp和编码区1386bp。编码区包括1个内含子和2个外显子，根据mRNA的两种不同剪接方式，分别编码384个（GHSRⅠa）和298（GHSRⅠb）个氨基酸。尼罗罗非

8、鱼GHSR基因组序列与莫桑比克罗非鱼GHSR基因组序列（GenBankNo:EU910220.1）相似性高达98.54%，与伯氏朴丽鱼(Haplochromis1上海海洋大学硕士学位论文burtoni)GHSR基因组序列（GenBankNo:XM_005926046.1）相似性为88.70%。从尼罗罗非鱼快长和基础群体中获得长度为2857bp的GHSR基因组DNA序列78条，共发现340个多态性位点（其中单核苷酸变异位点63个，简约性信息位点277个）和39种单倍型，