基于甘薯徐781和徐薯18转录组测序的snp标记开发

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1、密级：论文编号:中囯农业科学院学位论文基于甘薯徐781和徐薯18转录组测序的SNP标记开发DevelopmentofSNPMarkersBasedonTranscriptomeSequencingofXu781andXushu18inSweetpotato,Ipomoeabatatas(L.)Lam.硕士研宄生：许家磊指导教师：李强研宄员申请学位类别：农业推广硕士专业领域名称：作物培养单位：甘薯研宄所研宄生院2015年5月独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果

2、。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宄所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名:时间:W夕年/月曰关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文=同意中国农业科学院可以用不同

3、方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表1论文题目基于甘薯徐781和徐薯18转录组测序的SNP标记开发i!^论文作者许家磊专业作物研究方向分子育种j指导教师李强培养单位（研宄所）甘薯研宄所硕姓名职称单位专业签名(博）评硕导口乐美旺研宄员江西省农业科学院作物遗传育种博导口阅硕导□中国科学院遗传与发刘贵富副研究员作物遗传育种人博导口育生物学研究所答辩硕导口刘庆昌教授中国农业大学作物遗传育种主博导0席^7^硕导口中国农业科学院甘薯马代夫研宄员作物

4、遗传育种博导0研宄所硕导口李宗芸教授江苏师范大学遗传学y博导0A答•s硕导口中国农业科学院甘薯唐君研宄员作物种质资源博导口研宄所2辩i硕导0中国农业科学院甘薯刘亚菊副研究员作物遗传育种博导口研究所)^t)委硕导口博导口员硕导口博导口硕导口博导口会议记录（秘书）孙厚浩论文答辩时间地点2015年5月30日中国农业科学院甘薯所综合楼8322会议室Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationDevelopmentofSNPMarkers

5、BasedonTranscriptomeSequencingofXu781andXushu18inSweetpotato,Ipomoeabatatas(L.)Lam.M.S.Candidate:JialeiXuSupervisor:ProfessorQiangLiDegree:MasterofAgriculturalExtensionSpecialty:CropsMay2015摘要单核苷酸多态性(SNP)是近年来被认为最有发展潜力的第三代分子标记。本实验室利用IlluminaRNA-seq技术，从淀粉

6、含量、薯干产量和茎线虫病抗性差异明显的徐781和徐薯18测序结果中已获得1,386个SNP候选位点。为开发实用的SNP标记，本研究采用等位基因特异性PCR(AS-PCR)和四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primerARMS-PCR)两种特异性扩增的方法以及酶切扩增多态性序列(CAPS)酶切的方法，检测候选SNP位点，确定合适的甘薯SNP分子标记检测方法，对其反应条件进行优化，包括反应退火温度、内外引物浓度之比和TaqDNA聚合酶用量，并根据候选SNP位点，设计引物，检测SNP位点和开发SN

7、P分子标记。主要研究结果如下：1.通过AS-PCR、Tetra-primerARMS-PCR和CAPS三种常用的SNP检测方法，对甘薯SNP位点进行检测，比较其检测可行性和有效性，并对适宜检测方法的反应体系进行优化。结果表明，Tetra-primerARMS-PCR方法能准确、快速检测甘薯SNP位点并进行分型，操作步骤简单，费用低廉，使用25µL的反应体系，在每一组引物的最适退火温度下，内外引物浓度之比为0.4µmol/L:0.2µmol/L，TaqDNA聚合酶用量为1.25U时，可以达到良好的检测效

8、果。2.利用徐781和徐薯18转录组测序获得的候选SNP位点共设计了153组Tetra-primerARMS-PCR引物，对徐781和徐薯18候选SNP位点进行检测，其中103组引物的PCR产物有差异，差异检出率为67.97%。研究结果表明，Tetra-primerARMS-PCR适合甘薯SNP分子标记的检测，可以用于甘薯SNP分子标记的开发。Tetra-primerARMS-PCR不要求特殊的设备，操作步骤简单，能准确检测甘薯SNP位点，费用低廉，该方