基于转录组测序的翘嘴鳜微卫星标记的开发及mch class ⅰ基因的克隆表达

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1、SOOCHOWUNIVERSITY硕士学位论文SPGH叫论文题目基于转录组测序的翘嘴鳜微卫星标记的开发及A/C7/class/基因的克隆表达研究生姓名袁文成指导教师姓名黄鹤忠专业名称水生生物学研究方向水生动植物生理生态2015年4月论文提交日期苏州大学学位论文独创性声明本人郑重声明••所提交的学位论文是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不含为获得苏州大学或其它教育机构的学位证书而使用过的材料。对本文的研究作出

2、重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人承担本声明的法律责任。苏州大学学位论文使用授权声明本人完全了解苏州大学关于收集、保存和使用学位论文的规定，即：学位论文著作权归属苏州大学。本学位论文电子文档的内容和纸质论文的内容相一致。苏州大学有权向国家图书馆、中国社科院文献信息情报中心、中国科学技术信息研究所（含万方数据电子出版社）、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社送交本学位论文的复印件和电子文档，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、縮印或其他复制手段保存和汇编学位论文，可以将学位论文的全部或部分内容

3、编入有关数据库进行检索。涉密论文口本学位论文属在年__月解密后适用本规定。非涉密论文订论文作者签名：—日期：j、曰期：‘iot6，J、/6基于转录组测序的翘嘴鳜微卫星标记的开发及MHCclassI基因的克隆表达中文摘要中文摘要翘嘴鳜(Sinipercachuatsi)隶属于鲈形目(Perciformes)、鳜亚科(Sinipercinae)、鳜属(Siniperca)，俗称桂鱼、桂花鱼、胖鳜、季花鱼等，是淡水底栖的肉食性鱼类。它具有体型大、生长快、味道鲜美等特点，是我国重要的名贵经济鱼类和养殖对象。但是，

4、近年来由于江河过度捕捞、水域生态环境恶化及养殖生产中近亲繁殖等原因，导致自然种质资源衰退、养殖种质性状退化、鱼类疾病不断爆发等现状，已影响到翘嘴鳜种质延续及其养殖业的正常发展。迫切需要运用现代分子生物学手段开展翘嘴鳜种质资源保护及良种选育等方面的研究。为此，本研究采用转录组测序技术开发了与翘嘴鳜生长相关EST-SSR分子标记，分析了部分与经济性状相关的基因位点，检测了翘嘴鳜4个养殖群体（鄱阳湖、洞庭湖、太湖和长江口群体）的遗传结构和遗传多样性；克隆了翘嘴鳜MHCclassI基因并进行了不同组织的表达分析，

5、旨在为翘嘴鳜种质资源保护及良种选育提供理论基础，主要研究结果如下：1基于翘嘴鳜转录组测序的EST-SSR标记开发、验证1通过Illumina高通量测序平台对翘嘴鳜进行了转录组测序。组装和转录组拼接后共得到51245条unigenes，在35285个(68.86%)unigenes中共检测到14094个SSR位点，微卫星分布频率和密度分别是27.51%和184perMb。共有7335个位点被成功设计引物，其中生长、发育、增值和免疫功能二级分类条目引物共有1261对。随机选取100对引物进行多态性验证，得到多

6、态性引物20对。2选取筛选得到的13对多态性引物对翘嘴鳜4个养殖群体的各30尾个体进行基因扫描，共得到262个等位基因，等位基因数从2-3不等，平均等位基因数2.15，平均有效等位基因数1.80，平均观测杂合度0.52，平均期望杂合度0.43，平均多态信息含量0.34，达到中度多态水平（0.25洞庭湖群体>长江口群体>鄱阳湖群体。3对翘嘴鳜4个群体间遗传相似度和遗传距离的检测结果表明，鄱阳湖和长江口群体之间遗传距离最大（0.1302），遗传相似性系

7、数最小（0.8757），说明两者亲缘关系较远；鄱阳湖和洞庭湖群体遗传距离最小（0.0562），遗传相似性系数最大（0.9453），说明两者亲缘关系较近。采用UPGMA法构建系统进化树表明，洞庭湖和鄱阳湖群体先聚为一支，然后与太湖群体聚合，最后与长江口群体聚合。I中文摘要基于转录组测序的翘嘴鳜微卫星标记的开发及MHCclassI基因的克隆表达2基于EST-SSR标记的翘嘴鳜生长性状相关分析采用翘嘴鳜转录组测序开发的13对多态性EST-SSR引物，对60尾翘嘴鳜的体长、体高、体厚及体重4种生长性状进行标记-性

8、状相关性研究，结果表明：13个微卫星位点中有5个位点与翘嘴鳜生长性状显著相关，C10127位点与体长显著相关（P<0.05），与体厚极显著相关（P<0.01），AA型是体长、体厚的优势基因型，AC型是劣势基因型；C19016位点与体重显著相关（P<0.05），AB型是体长的优势基因型；C14847位点与体长极显著相关（P<0.01），与体高、体厚、体重显著相关（P<0.05），BB型是体厚的优势基因型；C12350位点与体长极