基于est-ssr分子标记的中国石榴遗传多样性研究

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1、摘要石榴为石榴科石榴属落叶果树，在食用、药用和绿化观赏方面具备较高的利用价值。通过构建石榴cDNA文库，开发EST-SSR引物，分析38个石榴品种的遗传多样性，绘制聚类图，为中国石榴品种鉴定、杂交育种以及分子标记辅助育种等领域提供参考。本试验结果如下：1、以软籽石榴品种“红玛瑙籽”成熟果实籽粒为材料，构建石榴cDNA文库，从石榴cDNA文库中随机挑选若干个克隆进行测序，获得1596条石榴EST序列，处理后共得到907个Unigenes序列，利用SSRIT软件在特定条件下搜索获得179个2到4核苷酸重复类型SSR，占所有Unigenes序列的19.7%，主要重复序列为二、三核苷酸重复，占全部

2、SSR的95.5%。在所有二核苷酸重复序列中，(GA)n出现数量最多，出现频率为24.0%，TG以21.2%的比例紧随其次；所有三核苷酸重复序列中，(AGA)n、(AAG)n、(GAG)n出现的数量较为接近，分别以10.4%、9.0%、9.0%的比例占据前三位。2、通过Primer、DNAman等软件进行引物设计，在设定条件下共设计20对引物，并通过白玉石籽、泰山红、皮山2号这3个不同产地的石榴品种进行筛选，筛选得到10对得到预期片段的引物。3、使用聚丙烯酰胺凝胶电泳试验检测38个石榴品种，筛选得到8对引物，具有较高的多态性。利用这些引物对38个石榴品种进行多态性分析，平均检测出2.60个

3、条带；观测杂合度的范围为0.125~0.833，（平均0.367）；多态信息含量值的范围为0.080~0.664（平均0.377）。4、对这些新开发的标记进行遗传相似性和聚类分析，38个石榴品种的遗传相似性系数为0.68~0.97，平均为0.83，这说明供试石榴品种间遗传相似性较高。由聚类图可知，在相似性系数0.68处，38个石榴品种可划分为两大组，分别是以安徽品种为主的组I和以山东品种为主的组II，说明两地的石榴品种具有不同的遗传背景；组I在相似性系数为0.80条件下又分为3个亚组（I-A、I-B、I-C），其中亚组I-B全部为安徽淮北品种，说明安徽淮北的石榴具有较为独特的遗传背景。关键

4、词：中国石榴，EST-SSR标记，遗传多样性，聚类分析IAbstractPomegranate(PunicagranatumL.)isahighedible,medicinalandornamentalvaluefruittreewhichbelongstoPunicaceae，PunicaL.ThroughtheconstructionofcDNALibraryofpomegranateanddevelopmentofEST-SSRprimers,38pomegranateaccessionscollectedwereanalyzed.Theseresearchproviderefere

5、nceinidentificationofvarieties,HybridizationbreedingandMolecularmarkassistedbreedingforChinesepomegranate.Thefollowingistheresult:1.Usingthematureseedofsoft-seedpomegranatecultivarHongmanaoziasmateral,pomegranatecDNAlibrarieswereconstructed.Thenasetofcloneswererandomlyselectedandsingle-passsequenc

6、edfromtheir5′end.Asaresult,1596validsequencesweregenerated,inwhich907unigeneswereobtainedafterinitialassemblywithClustalxprogram,179bitypetotetra-typeSSRs(19.7%)wereobtainedfromtheseunigenes.OftheEST-SSRs,dinucleotideandtrinucleotidehaveaabosolutemajority,themostcommontworepeatmotifswereGA(24.0%)a

7、ndTG（21.2%）indinucleotide,andthemostcommonthreerepeatmotifsintrinucleotideareclosed:AGA(10.4%),AAG(9.0%),GAG(9.0%).2.TwentyprimerpairsweredesignbyPrimer5.0undertheconditionsofsetting.And10primerpairswereasthesame