高丹草EST-SSR标记的开发及遗传多样性的研究.pdf

《高丹草EST-SSR标记的开发及遗传多样性的研究.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、分类号S514.03学校代码10129UDC633学号08202029高丹草EST-SSR标记的开发及遗传多样性的研究DevelopmentofEST-SSRMarkerandGeneticDiversityAnalysisinSorghumbicolor×Sorghumsudanenes申请人：温莹学科门类：农学学科专业：作物遗传育种研究方向：饲用作物遗传育种指导教师：逯晓萍论文提交日期：二〇一一年五月摘要本论文通过利用高粱EST序列开发SSR引物，全面分析了高粱EST序列中SSR的特性，并对所设计的引物进行检测；同时利用开发的引物对高粱、苏

2、丹草和高丹草等60份材料进行了EST-SSR标记分析，并且结合对其9个农艺性状的研究，对供试材料进行了遗传多样性的综合分析，为进一步研究与利用提供了分子水平的依据。其主要结果如下：1．从NCBI数据库获得210878条高粱EST序列，处理后得到全长37481kb的无冗余EST序列57498条。共搜索出3338个SSR分布于3116条EST中，其中207条EST含一个以上SSR，平均每11.28kbEST出现一个SSR。2．搜索结果中，二至六核苷酸重复均存在，其中三核苷酸重复最高，占68.33%，CCG和GCC出现频率最高，二核苷酸重复占17.9

3、7%，GA出现频率最高。四、五、六核苷酸重复率远低于三、二核苷酸重复，共占13.7%。3．搜索出的SSR序列中共有215种基元重复类型，所有基元长度范围在18-108bp。4．对3338条SSR序列进行EST-SSR引物设计，共有1694条序列能够设计出引物，所占比例为50.75%。选取94对引物进行合成，扩增结果表明，61对引物可以在三种材料13A、21和D012中扩增出清晰的条带，26对引物可在三种材料中检测出多态性。其中，有14对引物扩增结果显示，D012同时具有父母本（13A、21）带型。5．对60份材料的9个农艺性状分析结果表明，小穗

4、数的遗传多样性指数最高为1.94，其次分别为叶长、成株叶片数、穗长、株高、单株鲜重、茎重、分蘖数和叶宽；单株分蘖的变异系数最大为89.84%，其次为茎重、单株鲜重、叶宽、穗长、小穗数、株高、成株叶片数和叶长；主成分分析结果表明，在所有的主成分构成中，主信息主要集中在前4个主成分，累积贡献率达到88.38%；聚类分析表明，在欧式距离5.0处把供试材料分为5类。6．通过利用14对EST-SSR引物对60份材料进行扩增分析，共检测到72个等位变异，平均每对引物检测出5.14个基因位点。每对SSR引物的多态性指数范围为0.56-1.00，平均为93.0

5、6%。根据获得的72个等位基因，计算60份材料间的遗传相似系数(GS)，其范围为0.4167-0.9861，平均为0.7862。对供试材料进行聚类分析，以0．69为阈值，可将供试材料按照亲缘关系的远近明显的将其区分为5大类群，并与60份材料的农艺性状聚类结果大致相吻合。7．在开发出的14对引物中，发现5个特异的分子标记，其中，引物D2318只对314A和棕壳苏丹草的后代GZ192产生特异条带，而在其他材料中均不出现，该标记可以用于鉴别314A和棕壳苏丹草的后代材料。因此，该标记将在杂种鉴别中得到应用。下一步将利用琼脂糖回收试剂盒对该片段进行回收

6、测序。关键词：高丹草；EST-SSR；标记开发；农艺性状；遗传多样性DevelopmentofEST-SSRMarkerandGeneticDiversityAnalysisinSorghumbicolor×SorghumsudanenesAbstractThispaperusedthesorghumbicolorESTsequencetodevelopmentSSRprimer.WecomprehensivelyanalyzedthesequenceofSSRinsorghumbicolorESTandtestedit;meantime,we

7、usedtheprimerwhichhasdevelopedonsorghumbicolor,sorghumandsorghumbicolor×sorghumof60materialssuchastheEST-SSRmarkersanalysisandcombinedtothetestmaterialof9agronomiccharacters.Weanalyzedthegeneticdiversityofcomprehensiveanalysisandprovidedthebasisofthemolecularlevelforfurtherr

8、esearch.Themainresultsasfollows:1.Getting210878sequencesfromNCBIdatabases,a