重症肌无力差异lncrnas的表达及生物信息学研究

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1、万方数据中图分类号吕Z垒iUDC舌[坌博士学位论文学校代码10533重症肌无力差异LncRNAs的表达及生物信息学研究Thedifferentially·-expressedLncRNAsandthebioinformaticsanalysis‘，；theniabioinatlcsanaSISInmyasmemagravl。s作者姓名：学科专业：研究方向：学院(系、所)：指导教师：副指导教师：论文答辩日期李业临床医学神经病学湘雅医院肖波教授杨欢教授丝!圭：!!：三17答辩委员会主席中南大学二零一

2、三年十一月一令一二，平下一月煳!{ff嬲万方数据学位论文原创性声明～～本人郑重声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了论文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中南大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我共同工作的同志对本研究所作的贡献均已在论文中作了明确的说明。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。作者签名压日期：塑f主年且月型日、学位论文版权使用授权书本学位论文作者和指

3、导教师完全了解中南大学有关保留、使用学位论文的规定：即学校有权保留并向国家有关部门或机构送交学位论文的复印件和电子版；本人允许本学位论文被查阅和借阅；学校可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用复印、缩印或其它手段保存和汇编本学位论文。保密论文待解密后适应本声明。作者签名：芷y日期：盟年旦月覃日万方数据博士学位论文中文摘要重症肌无力差异LncRNAs的表达及生物信息学研究摘要目的：通过lncRNA芯片分析重症肌无力并发胸腺瘤患者组和重症肌无力胸腺无异常组及健康对照组的差异

4、lncRNAs和mRNA表达；运用生物信息学方法，预测并分析差异lncRNA的共表达靶基因、lncRNA的生物学功能聚类以及参与的信号通路，通过cis和trans预测分析差异lncRNA参与基因调控中作用机制，构建TF．1ncRNA．靶基因三者的网络关系；采用real．timePCR技术，验证代表性具有差异表达的hacRNAs；为探讨lncRNAs在重症肌无力患者发病机制中的作用奠定基础。方法：1．收集重症肌无力患者及健康正常对照组患者外周血标本，分离外周血淋巴细胞并提取总RNA。2．通过lnc

5、RNA芯片，检测和分析重症肌无力患者外周血的lncRNA与mRNA表达谱，以差异倍数大于或等于2，且P小于等于O．05为标准，筛选出重症肌无力并发胸腺瘤患者组与健康对照组比较存在的差异表达lncRNA和mRNA分子。3．通过生物信息学分析，预测靶基因、分析基因聚类、预测富集生物学通路以及构建TF．IncRNA．靶基因网络关系：利用pearson相关系数预测差异表达的lncRNA的靶基因；针对差异性表达的lncRNA的靶基因，应用ENCODE数据库预测可能富集的生物学信号通路，进行基因聚类(GO与

6、pathway)分析，关联分析构建lncRNA．mRNA共表达网络；采用Cytoscape构建TF．1ncRNA．靶基因三元网络关系4．实时荧光PCR验证具有代表性差异表达lncRNAs：选取lncRNA芯片检测具有代表性显著差异表达的lncRNAs，采用real．timePCR技术，验证其在重症肌无力并发胸腺瘤组和无胸腺异常组及健康对照组中的差异表达。结果：1．1ncRNA芯片分析显示，重症肌无力胸腺瘤患者组和健康对照比较存在1489个显著差异lncRNA分子，其中218个上调，1271个下I

7、I万方数据博士学位论文中文摘要调；有862个差异的mRNA分子，其中上调的mRNA有249个，下调的mRNA有613个。重症肌无力胸腺无异常患者组和健康对照比较存在342个显著差异lncRNA分子，其中172个上调，170个下调；存在353个差异的mRNA分子，其中上调的mRNA有263个，下调的mRNA有90个。重症肌无力并发胸腺瘤组和重症肌无力胸腺无异常组比较存在281个差异显著lncRNA分子，其中52个上调，229个下调。存在204个差异的mRNA分子，其中上调的mRNA有59个，下调的

8、mRNA有145个。2．在重症肌无力并发胸腺瘤与健康对照组，首先选取差异显著性上调lncRNAoebiotech11933、lncRNAA24P927716和下调显著性lncRNAA21P0010030、lncRNAA21P0002844逐一分析其共表达靶基因、GO和pathway，并采用real．timePCR验证其表达，整体差异lncRNA的GO功能和pathway分析结果显示，细胞对干扰素1，的响应在重症肌无力并发胸腺瘤发病机制中发挥重要的作用，其次依次为正向调节细胞因子产生、调节平滑肌细